El condado ribagorzano fue custodiado desde sus orígenes por castros de entre los que está Arén, ya es citado como Castro Arinio en un documento fechado el 31 de mayo del año 823, en el Cartulario del Monasterio de Alaón a propósito de unas compras de viñas o tierras lo que indica su posesión por parte de los cristianos aunque no se conoce con exactitud por cuanto tiempo. Vuelve a citarse en 867, 876 y 877 y hasta en nueve ocasiones a lo largo del siglo X. Estuvo bajo el control de los condes de Ribagorza, ya que en el año 1030 Radolfo Oriol prestaba acto de homenaje a Ramón III conde de Ribagorza sobre los castillos de Arén y Orrit, el conde Ramón IV de Ribagorza vendía la mitad del castillo de Arén a Arnau Mir y su esposa Arsenda en el año 1055, un año después pasó a ser señorío de Arnau Mir pasando a propiedad de los condes de Pallars pues aparece citado por el vizconde Arnaldo Mir de Tost, como recibido en feudo por su señor el conde de Pallars en su testamento del 11 de agosto de 1071 al legarlo a sus hijos; su posesión por parte de esta casa de Pallars es confirmada en un pergamino fechado en el 1109 y conservado en el archivo de la colegiata de Tremp y por el que se conoce que los condes pallarenses donaban a dicha iglesia las parroquias de San Martín y Santa Cruz de Arén y que un canónigo de aquella colegiata tenía aneja a su prebenda la abadía de Arén.
En 1174 el vizconde de Ager, Pons de Cabrera, entrega el castillo de Arén a Bernardo de Estopiñán, a comienzos del siglo XIII el castillo pasó a ser feudo de la baronía de Eril. En 1299 regía el castillo Acardo de Mur que prestaba vasallaje a Jaime II por este castillo y los de Mur y Montañana. También a fines de este siglo se planteó el régimen de fueros, privilegios, usos y costumbres a toda la Ribagorza y por supuesto a la villa que nos ocupa y en las Cortes celebradas en Zaragoza en 1300 se defendió y remarcó su condición aragonesa, situación definitivamente sancionada tanto en el decreto real de establecimiento de la frontera entre Aragón y Cataluña en 1301 como en el instrumento de infeudación del condado en la persona del infante don Pedro en 1322.
Posteriormente la villa fue incorporada a la Corona por Pedro IV el Ceremonioso en julio de 1371 aunque antes Jaime II se había reservado los derechos sobre el castillo en 1322 debido de nuevo a su importante situación estratégica.Ya en el siglo XVI Arén tuvo una importante actuación en los sucesos acaecidos en la zona manifestándose a favor de las decisiones del Consejo General de Ribagorza y en contra de la despreocupación de sus condes y las arbitrariedades de sus oficiales. En 1659 era gobernador del castillo el señor de Eroles.Años después y en el marco de la guerra de Sucesión (1705-1714), la villa toma partido por Felipe V, al igual que Zaragoza y Monzón, oponiéndose al clima general de la Corona de Aragón favorable al archiduque Carlos de Austria lo que lleva al asedio y conquista del castillo y población por parte de las tropas de este en 1707, tras derrotar a Felipe de Anjou en Puente de Montañana, mandadas por Francisco Moner lo que le valió a este el título de conde de Arén además del que ya ostentaba de barón de Claret; el asedio fue muy duro, en él resultó malherido su gobernador Francisco de Balzanat, pero peores fueron las represalias después de la conquista ya que fueron fusilados 91 hombres de la población e inmediaciones. Estos hechos se conocen bien dados unos documentos fechados en Madrid en 1713 y Zaragoza en 1728 en los que el monarca Borbón concedía ayudas y honores a los familiares de los fallecidos por su causa así como a combatientes que habían sobrevivido.
El castillo fue reconquistado por las tropas de Felipe V en 1711.No obstante, aún reconociendo este acto de fidelidad, el castillo fue mandado demoler por Real Orden de este monarca en 1740 y las dos piezas de artillería que contenía fueron trasladadas a la fortaleza de Benasque, según relata Pascual Madoz, así como suprimido el cargo de gobernador del mismo. La demolición fue efectuada en 1744 y muchos de sus materiales se emplearon en la construcción de la iglesia de San Martín de Tours de la localidad.
El siglo XIX también trajo sucesos violentos a la población, pues durante la guerra de la Independencia la villa fue ocupada durante once días por alrededor de 2000 soldados franceses durante los cuales los habitantes que no habían huido fueron vejados y sus haciendas maltratadas. Además, algunos años después, en la Tercera Guerra Carlista (1872-1876), se libraron combates en las inmediaciones de la población entre carlistas procedentes de Navarra en dirección a Cataluña y los liberales que los trataban de interceptar.Todos estos sucesos dejaron su huella en la población aunque ninguno tan importante como lo fue la desaparición de su fortaleza y la condición de plaza militar en el siglo XVIII con la pérdida de importancia que conllevó para la misma.