Edificio realizado en sillería. Tiene planta de cruz latina, con cabecera recta orientada al O, y dos capillas laterales comunicadas erntre sí abiertas en cada uno de los costados de la nave. Esta, el presbiterio y los brazos del crucero se cubren con bóveda de medio cañón con lunetos; el crucero lo hacía con cúpula gallonada sobre pechinas con decoración de yeserías, que ha sido eliminada en la reciente restauración.

En la parte alta de la nave y del presbiterio se abre una tribuna en parejas arcos rebajados, con barandilla de balaustres torneados. Actualmente los vanos de la tribuna han sido cerrados a la nave para la instalación de infraestructura expositiva.

A los pies, sobre cancela de madera, hay coro alto que apea sobre arco rebajado.

Tras la capilla mayor había una sacristía, con planta en forma de U, cuyo espacio ha sido remodelado para la adaptación a sus nuevas funciones.

La puerta abre a los pies, adintelada, flanqueada por pilastras cajeadas, y con entablamento decorado. Sobre él hay una hornacina con la figura en piedra de san Francisco Javier, rematada por frontón partido y escudo real en relieve. En el dintel de la puerta consta la fecha de 1729.

La estructura interior, con planta de cruz latina de una sola nave, capillas laterales intercomunicadas y tribuna abierta sobre la nave es característica de las iglesias jesuíticas, que toman como modelo la iglesia del Gesú de Roma.