El castillo de Alcalá de la Selva se encuentra situado en un escarpado crestón rocoso, al noroeste del casco urbano de la villa, sobre la confluencia de los barrancos de la Loma y del Nacimiento.
La fortaleza ocupa la parte superior del espolón rocoso. Es probable que la ocupación islámica superase los límites del actual castillo, extendiéndose por la parte superior de la ladera meridional, en la que se detecta la presencia de materiales arqueológicos.
En este enclave se ha detectado la presencia de algunas estructuras iberorromanas y de otras de cronología contemporánea (vinculadas a las guerras carlistas).
En cuanto a las estructuras medievales, se solapan las procedentes de tres construcciones:
* Castillo islámico (Alcalá II): la estructura de esta fortificación pudo articularse en diversos escalonamientos o "terrazas". La más alta de ellas ha desaparecido casi totalmente, conservándose tan solo restos de un muro y de un banco corrido. El grueso de las estructuras descubiertas en las excavaciones arqueológicas pertenecería a una "segunda terraza". Gran parte de ellas estaban realizadas mediante encofrados de piedra y de yeso rosáceo. Destacan por su extraordinario estado de conservación los muros aparecidos en el subsuelo de la actual torre del homenaje, con un pilar y un banco corrido.
* Castillo de los monjes de la Selva Mayor (Alcalá III): esta nueva fortaleza integrará algunas de las estructuras del castillo islámico, aunque sus fábricas más destacadas se realizarán mediante potentes muros de mampostería regularizada de buena calidad, trabada con mortero de cal.
La nueva fortaleza tendría una dimensiones parecidas o ligeramente inferiores a las del actual castillo. Y aunque interiormente presentaba unos escalonamientos que se adecuaban al terreno natural, exteriormente tenía una apariencia compacta, con un gran torreón cuadrado que podría hacer las veces de "torre del homenaje" y que aún se conserva embutido en la fábrica actual; y un cuerpo anexo que, a grandes rasgos, coincide en su fachada meridional con el gran muro que delimita el castillo actual, aunque con una altura sensiblemente inferior. Es posible que en el extremo del espolón existiera alguna otra estructura, de la que no se han conservado evidencias claras.
Destaca la presencia de una amplia sala, de suelo irregular, con una peculiar cubierta de madera con faldones (o, al menos, apoyos en ángulo), que recuerda a las de parhilera.
* Castillo de los Fernández de Heredia (Alcalá IV): la mayor parte de la actual fábrica del castillo de Alcalá fue realizada por los Fernández de Heredia, durante el último cuarto del siglo XIV y a lo largo del siglo XV.
A diferencia de las fortificaciones anteriormente asentadas, para la construcción del nuevo castillo se habilitó una amplia plataforma, utilizando para ello buena parte de los muros perimetrales del castillo de la Selva Mayor y rellenando algunas de las viejas estancias de la fortaleza con aquellos escombros procedentes de la demolición de las partes del antiguo edificio que no se iban a reutilizar en la nueva fábrica; la presencia de algunos bloques de yeso similares a los muros que vinculamos al castillo islámico demuestra que buena parte de esta fortaleza había sido reutilizada en el castillo de la Selva Mayor. Y muchas de las estructuras de este último también fueron reutilizados por los Fernández de Heredia, tanto para seguir delimitando algunos espacios como para cimiento de la nueva estructura. Esta reutilización facilitó el notable crecimiento en altura de la nueva fortaleza, que enmascara totalmente la antigua cumbre del espolón sobre el que se asienta.
La fortaleza constaba de un portal flanqueado por sendas torres-puerta, un recinto con estrecho patio de armas interior flanqueado por construcciones de servicio adosadas a los muros perimetrales y una "torre del homenaje", de planta poligonal.
Esta última tiene tres plantas. En la inferior, accesible desde el patio de armas, había cuatro salas cubiertas con bóveda apuntada; solo dos de ellas disponían de pequeñas ventanas de iluminación, situadas en la parte más alta (los restantes vanos son de cronología posterior); a la planta superior se accedía por una puerta protegida con un cierre de tranca, que comunicaba con el adarve de la muralla, al que, a su vez, se debía acceder por una escalera situada en una de las torres; ese paso estaba resaltado respecto al adarve, lo que acentuaba aún más la componente defensiva. Esta segunda planta también consta de cuatro salas, todas ellas con ventanas abiertal al exterior, alguna de cuidada sillería abocinada. Tres de estos vanos se abrían al muro sureste y y al menos dos de ellos constaban de una ventana con bancos festejadores, transformados posteriormente en acceso a una balconada carlista. La sala más oriental tiene una chimenea de considerables dimensiones. El acceso a la planta superior pudo realizarse mediante una escalera situada en un ángulo de la sala meridional. En la planta superior había una plataforma enlosada y un cuerpo con galería de arcos abocinados, orientados hacia todos los ángulos, posiblemente asociados a alguna pieza artillera. Los materiales arqueológicos detectados permiten fechar esta galería en el siglo XVI.