El edificio de la iglesia es una construcción mudéjar de nave única, dividida en cuatro tramos, separados por arcos ojivales, cabecera poligonal de cinco lados, y capillas entre contrafuertes.

La cubrición se realiza mediante bóvedas de crucería sencilla, presentando los dos primeros tramos y cabecera plementerías de ladrillo y nervios de triple bocel con clave decorada con relieves, y el tercer tramo nervios más moldurados con clave pinjante orlada con cardinas.El último tramo de la iglesia, correspondiente a los pies, es poco profundo y se cubre con bóveda de cañón apuntado, existiendo un coro alto sobre forjado de madera y arco rebajado en el frente.
Las capillas se abren a la nave en arco apuntado apoyado en ménsulas que presentan escudos con representación de comendadores y caballeros sanjuanistas.
Sobre las capillas del lado de la epístola existe una tribuna correspondiente al siglo XVI.El púlpito de yeso tallado con ornamentación pertenece al gótico tardío (XV).
En el siglo XVI tuvo lugar una modificación en el lado sur consistente en una ampliación hacia la plaza. Al interior, en planta baja se dobla la profundidad de las tres capillas laterales; en los extremos se abren dos capillas nuevas de planta cuadrada, correspondiendo a la parte baja de los dos torreones (la del extremo oriental abre al presbiterio; la capilla del torreón occidental está cubierta por bóveda estrellada con estucos gótico-renacentista). Al exterior, los paramentos de la crujía sur presentan en la actualidad huellas de diferentes transformaciones y restauraciones; el muro se divide en tres pisos de altura, presentando los dos primeros huellas de primitivos arcos rebajados y carpaneles respectivamente, hoy cegados; por último, la parte superior se abre en una galería de arquillos rebajados que hoy están reforzados por una estructura metálica que altera la estética del conjunto.
Sobre las capillas se sitúa una tribuna que abre en arcos rebajados y cubre sus estancias con bóveda de crucería sencilla con espinazos y claves.Lo más destacable son las yeserías talladas que ornamentan los ventanales del ábside (no visibles por estar tapados por el retablo); dichos ventanales están cerrados por placas de alabastro. Están constituidos por arcos mixtilíneos entrecruzados y decoración con ataurique vegetal de palmetas asimétricas y digitalizadas (modelo difundido a partir de las obras de Pedro IV en la Aljafería).

El exterior de la iglesia presenta un marcado carácter palacial-civil, especialmente por el torreón que se levanta en el extremo meridional de los pies, restaurado en la actualidad, y que consta de cuatro cuerpos separados por imposta, abierto el superior mediante galería de arquillos de medio punto doblados, y culminado por cornisa de hiladas de ladrillo en esquina; bajo la imposta que separa el último cuerpo destaca una banda de decoración cerámica bicolor.