La portada se encuentra alojada entre dos torres y protegida por un gran arco de medio punto. Se construyó como si de una joya se tratara, utilizándose como material el alabastro. Presenta estructura de portada- retablo: dividida en pisos y calles, en su parte inferior se abre el gran arco de medio punto de ingreso -en origen este arco cobijaba una doble puerta con parteluz central sobre el que iba la imagen de Santa Engracia- con dos arquivoltas decoradas con cabezas de querubines aladas y en cuyas enjutas se observan dos escudos reales, apareciendo incorporado el reino de Navarra por lo que la datación de la portada ha de situarse a partir de 1512. Debajo de la rosca del arco aparecen San Esteban, San Braulio y otros santos, obras del siglo XIX, ya que las originales volaron en la Guerra de la Independencia. El arco de ingreso está flanqueado por parejas de columnas abalaustradas entre las que se disponen cuatro hornacinas, dos en cada lado, que cobijan las esculturas de los Doctores de la Iglesia Occidental: San Agustín y San Gregorio, a la derecha, totalmente rehechos, y San Ambrosio y San Jerónimo, a la izquierda, de los que sólo el último es original del siglo XVI. Encima de estas imágenes aparecen laureas con bustos de personajes antiguos, posiblemente emperadores o héroes romanos. Los medallones, muy renacentistas, seguramente son de Gil Morlanes el Joven; uno es el retrato del artista, y otro representa a Augusto, fundador de Zaragoza. Se sabe que es este personaje por la inscripción y además, porque en este momento el humanismo zaragozano comparaba al héroe Fernando el Católico, por sus hazañas, con Augusto.

La zona inferior de la portada se separa de la superior a través de un entablamento decorado con motivos renacentistas como veneras, ovas, etc.

En el piso superior se disponen tres calles y un ático; la calle central, y dentro de una hornacina, muestra el relieve de Nuestra Señora de las Santas Masas, advocación que también tenía el monasterio, entronizada y coronada por unos ángeles, mientras en las calles laterales aparecen, asimismo inscritas dentro de hornacinas, las esculturas de los monarcas Fernando de Aragón e Isabel de Castilla, ambos orantes y acompañados por santos. A la izquierda se representa a Fernando acompañado de San Jerónimo y San Juan Bautista, santo protector de los Reyes Católicos, y a la derecha se representa a Isabel acompañada de Santa Paula y de Santa Catalina de Alejandría. Fernando porta un rosario en la mano y se representa vestido de civil y con un collar de cuentas gruesas muy característico del rey. Estas figuras que representan a los reyes son de factura más gótica de lo que se desprende que su dirección artística corrió a cargo de Gil Morlanes el Viejo.

Sobre estas calles se dispone el ático en el que se representa, dentro de una hornacina, el Calvario, con las figuras de Cristo Crucificado, obra original del siglo XVI, San Juan y la Virgen -completadas en su mitad superior por el escultor Carlos Palao-, flanqueado por las alegorías sedentes de la Fe y La Esperanza.

Al interior, bajo el altar mayor, en una cripta de cinco naves se veneran los restos de Santa Engracia y los Innumerables Mártires, contenidos en varios sarcófagos, entre los que destacan dos de época paleocristiana.

Lo único que sobrevivió a los destrozos de la Guerra de la Independencia y su posterior ruina fue la magnífica portada-retablo renacentista de la iglesia del Monasterio de Santa Engracia, dividida en dos pisos de tres calles más ático y decorada con motivos de tradición clásica.
El programa iconográfico de esta portada-retablo ha de entenderse en un doble sentido: por un lado, condensa un programa martirial aragonés y santos vinculados a Santa Engracia, y por otro, hace constantes referencias al patrocinio y mecenazgo real con que ha contado este monasterio.
Según los distintos especialistas, la fachada constituyó la obra más vanguardista de toda la fábrica del monasterio jerónimo del siglo XVI, así como una de las portadas más tempranas y mejor resuelta del Renacimiento en la Península por su adecuada y sobria disposición de los diferentes elementos renacentistas como, por ejemplo, las columnas abalaustradas, pilastras, entablamentos y diversos elementos decorativos del repertorio italiano del XVI como veneras, ovas, tondos, putti, dardos, guirnaldas, etc,