El período de génesis y formación del mudéjar aragonés tiene lugar durante el siglo XIII, en un proceso que se inicia a partir de la Reconquista y que afectará en forma diferente a los distintos focos de arte mudéjar de la Península.
La Reconquista de la España musulmana supuso un primer período constructivo que impuso el arte románico como símbolo del nuevo poder político cristiano; a partir de ahí, varios factores favorecerán la progresiva adaptación de la tradición constructiva islámica: la aceptación social de la pervivencia del arte hispanomusulmán, muy apreciado por la sociedad cristiana, los condicionamientos geográficos, la sustitución de las construcciones de la Reconquista por otras más suntuosas que permitieron la libre circulación de formas artísticas y mano de obra mudéjar, favorecidos por encargos reales, fueron originando una manifestación artística cuyos precedentes serán distintos en cada foco regional, condicionados por los diferentes momentos de interrupción del proceso del arte islámico que supuso la Reconquista en cada territorio.
El caso de la ciudad de Daroca es especialmente significativo por conservar casi los únicos testimonios del proceso de sustitución de las iglesias construidas tras la Reconquista por otras según la tradición mudéjar. En la iglesia de San Juan de la Cuesta no se produjo una simple sustitución de material constructivo en la fábrica románica, sino la adaptación del nuevo sistema constructivo con elementos de la tradición islámica.
Así, la iglesia, románica datada a mediados del siglo XIII, inicia su construcción por el ábside, utilizando piedra sillar, quedando interrumpida a media altura para continuar la fábrica en ladrillo.