La Administración de Justicia está presente en el proceso electoral desde antes incluso de la aprobación del sufragio universal. La Ley electoral de 28 de diciembre de 1878 ya prescribía que en cada distrito electoral los jueces de primera instancia presidirían la Junta de Escrutinio.

Pero los organismos fundamentales para gestionar las elecciones fueron, sin duda, las Juntas del Censo electoral. Creadas por la Ley de 1890, trabajaban en tres niveles: municipal, provincial y central. La municipal estaba presidida por el Alcalde, la provincial, por el Presidente ordinario de la Diputación y la central por el Presidente del Congreso de los Diputados. Les estaba encomendada la formación, revisión, custodia e inspección del censo electoral, de manera que las Juntas Municipales del Censo Electoral recogían las variaciones que hubiera respecto al censo del año anterior, las provinciales elaboraban y publicaban las listas definitivas y la central inspeccionaba y dirigía este proceso además de ejercer jurisdicción disciplinaria sobre todas las personas que intervinieran con carácter oficial en las operaciones electorales.

Las Juntas Central y Provincial debían estar compuestas por quince vocales, siendo vocales natos en la primera los expresidentes y exvicepresidentes primeros del Congreso, y en las segundas, los expresidentes y exvicepresidentes de las Diputaciones avecindados en la provincia, hasta completar el número de diez, y el resto de vocales eran diputados provinciales. Las Juntas Provinciales se ocupaban también de designar a parte de los interventores de las mesas electorales así como de la proclamación de candidatos y expedición de sus credenciales. La Ley electoral de 8 de agosto de 1907 establece que el Censo es un registro de carácter público y oficial y, como novedad, se encarga al Instituto Geográfico y Estadístico su formación, custodia y rectificación. Las Juntas del Censo mantienen su carácter permanente pero varía su composición dejando de estar formadas por cargos políticos.
Las funciones de las Juntas están reguladas en el artículo 15 de la Ley de 1907. Les competía inspeccionar y dirigir cuantos servicios se refieren al Censo, además de resolver las consultas, apelaciones y quejas que se producían. También se recogía expresamente como función propia de las Juntas conservar los ejemplares impresos de las listas definitivas de electores. Esta es la razón por las que han llegado hasta nosotros conservadas, en Zaragoza, porque sus presidentes lo eran también de la Audiencia Territorial. En Huesca, se han conservado en la Diputación Provincial seguramente porque los secretarios de las Juntas Provinciales seguían siendo los de cada Diputación Provincial. También a partir de la reforma de 1907, las juntas del censo debieron asumir la responsabilidad de controlar todo el proceso electoral, en las funciones que actualmente corresponden a las Juntas electorales, como designar los locales donde se celebrarían las elecciones, la proclamación de candidatos, recibir las actas con los resultados, o realizar el escrutinio general. El papel central que jugaban los jueces de primera instancia e instrucción para organizar la actividad de las juntas hizo que también tuviera un papel relevante la Audiencia Territorial. Sin una mención expresa en la legislación electoral, pero sí en el funcionamiento habitual de la Administración de Justicia, la Audiencia Territorial coordinaba el trabajo de los juzgados y, con ellos, el de la misma actividad de las Juntas en general y muy especialmente, de la elaboración y publicación del censo electoral.