La ermita de San Juan es un edificio de nave única, planta rectangular, cabecera plana orientada al este y cubierta de teja a doble vertiente. Los materiales utilizados en su construcción fueron el tapial de tierra enlucido para el alzado de los muros y la piedra sillar para el zócalo, la entrada y los contrafuertes. En las esquinas y las cadenas que refuerzan los paños de tapial y que podemos observar tanto en la cabecera como en los pies del edificio se utilizó la piedra sillar combinada con el ladrillo en el paramento oriental. El acceso a la ermita se realiza por el lado meridional y la puerta, entre dos contrafuertes, se abre en arco de medio punto de dovelas lisas que apoyan en una imposta moldurada. En el exterior tanto la fachada meridional como la septentrional se refuerzan con dos contrafuertes escalonados de piedra que se alzan hasta la mitad del muro.

En el interior de la ermita los tres tramos en que se divide la nave están separados por dos arcos diafragma de sillería ligeramente apuntados en origen (el más próximo a la cabecera fue rehecho en una reciente restauración) que arrancan desde el suelo y sostienen una techumbre de madera a dos aguas. Un banco corrido de obra discurre paralelo a la parte inferior del muro norte. La iluminación interior del templo se realiza mediante dos óculos abiertos a los pies del templo y de un pequeño vano en arco de medio punto situado en el muro meridional, en el lado de la Epístola, cercano al altar.