Se trata de una iglesia barroca que tiene adosada una torre cuya mitad inferior, al menos, posiblemente sea románica.

La iglesia tiene planta rectangular, compuesta por una nave con dos capillas ligeramente salientes en los laterales, y cabecera más alta orientada hacia el norte. En el lado sur de la cabecera sobresale el volumen de una sacristía adosada. Está realizada con mampostería.

La torre se encuentra adosada a la iglesia por el sureste, en la zona de los pies. Está realizada con sillarejo, aunque algunos fragmentos del paramento han sido reparados con mampostería. Tiene planta cuadrada y no presenta ningún tipo de divisiones exteriores. El elemento más interesante es una ventana geminada abierta en su segundo piso. Enmarcada por un alfiz rehundido, esta coronada por dos pequeños arcos en falsa herradura (pues en realidad son sus salmeres tallados en pico los que le otorgan esa forma), que apean sobre un mainel de sección circular; existe otra ventana idéntica en el muro de poniente de la iglesia de San Pedro de Lárrede. En el lado norte hay dos vanos cegados de difícil interpretación: se trata de dos puertas en arco de medio punto, una a nivel del suelo y la segunda a una altura ligeramente mayor, cuya funcionalidad no resulta clara; han sido interpretadas como vanos de acceso a la torre desde el interior de la iglesia original del siglo XI, si bien esta interpretación suscita numerosas dudas.

En cualquier caso, la posible torre original fue recrecida o transformada cuando se construyó la iglesia barroca, pues en la parte superior de su frente sur se abren dos vanos de medio punto para campanas que corresponden a esta época. Sobre ellos, en el muro, pueden verse las dos hileras de huecos de un palomar. En la esquina oriental de la torre se eleva un contrafuerte de mampostería que también pudo ser añadido en esa época.

La iglesia es un edificio muy sencillo, con un exterior extremadamente austero, animado únicamente por los juegos de volúmenes de las pequeñas capillas laterales, de la algo mayor sacristía y de algunos contrafuertes.

Los principales elementos de interés se concentran en el hastial. Aparte de una ventana en arco de medio punto abierta en su parte superior, destaca una placa con un relieve que representa las armas del monasterio de San Juan de la Peña: un cordero portando la bandera de San Juan Bautista y, sobre él, una corona; al pie del relieve, la inscripción “DSIVANDELAPEÑA”.

En la parte central del hastial se abre la portada, precedida por un pequeño pórtico de planta rectangular cubierto con bóveda de medio cañón. Es un sencillo vano en arco de medio punto, con dovelas muy cortas, que apea sobre jambas similares.

Al interior consta de una única nave, con una capilla abierta en cada lado, y cabecera recta.

El ábside está cubierto con cúpula elíptica sobre pechinas, que apean en ménsulas en copa. Está separado de la nave por un gran arco de medio punto sobre pilares.

La nave, cubierta con bóveda de cañón con lunetos, está dividida en tres tramos por fajones de medio punto que apean en triples pilastrillas adosadas en las que también apoya la base de los propios lunetos. Las capillas laterales se abren en el primer tramo de la nave; se trata de simples huecos de escasa profundidad cubiertos por bovedillas de cañón. Un fino entablamento moldurado con listeles recorre la nave a la altura del arranque de la bóveda.

Tiene coro alto a los pies, sobre bóveda muy rebajada, abierto por su frente en arco escarzano.