Según los datos históricos Senegüé tuvo uno de los primeros molinos que se citan en la comarca. Aparece citada la existencia del molino en un privilegio de Alfonso I el Batallador, fechado en 1125, por el que se concede a Guielmo, su molinero de Senebue, los molinos que éste mismo había construido in Civitatelga iuxta Senebue.

En 1180, se hace una relación de bienes del palacio de Senegüé cuando el abad de San Juan de la Peña tomó posesión de los mismos al pasar de propiedad real a formar parte del señorío de San Juan de la Peña, entre los bienes se encuentran las rentas de un molino que eran diez arrobas de trigo y diez de ordio. La última cita sobre el molino de Senegüé es de 1904 pero desconocemos si el molino es el mismo.