Es un edificio de piedra sillar sin desbastar y sillarejo en ábside y muros de la nave, de mampostería en el resto.

Consta de una nave rectangular dividida en tres tramos, con ábside semicircular orientado al este y construido directamente sobre la roca,  precedido de un tramo preabsidial, con dos capillas abiertas en el primer tramo de la nave formando un crucero bajo.

Se cubre la nave con bóveda de cañón apuntado, dividido por arcos fajones, igualmente apuntados, que apean en grandes ménsulas apenas sobresalientes del muro. El tramo preabsidial y las dos capillas se cubren con bóveda de cañón y el ábside con cuarto de esfera ligeramente apuntada.

En el ábside se abre un vano de medio punto central con doble derrame, que se conservó cegado durante muchos años y que fue reabierto en la reciente restauración. Sobre el paramento que salva la altura entre la bóveda del tramo preabsidial y la de la nave, se abre un óculo con derrame interior. En el paramento occidental, a los pies de la nave, se abre un vano rectangular aspillerado con derrame interno.

La sacristía se abre a la capilla del lado de la epístola con puerta adintelada,  y cubierta de cielo raso. Se abren dos vanos abocinados hacia el interior en los muros este y sur. En su interior se conserva una calajera de grandes dimensiones  a la que falta el cajón inferior de los tres que la componían.

La puerta de la iglesia se abre al sur en arco de medio punto de grandes dovelas, con las esquinas biseladas. Está protegida por un pórtico cubierto con bóveda de cañón de despiece irregular. El pórtico queda arropado por la torre y por el volumen del edificio de la abadía. Al interior, junto a la puerta de entrada se conserva una pila bautismal octogonal de reducidas dimensiones.

El pavimento de la nave y las capillas se realiza con baldosa toba cerámica y el de la sacristía y el pórtico con losa de piedra. Las paredes se hallan encaladas, salvo en el ábside, donde se conservan parte de las pinturas murales medievales, descubiertas tras la última restauración. La nave, las capillas, la sacristía y el pórtico se cubren con losa de piedra.

La torre está erigida en mampostería, sillar y sillarejo, con planta cuadrangular sobre la capilla de la epístola. Posee dos cuerpos separados por una imposta en listel. Se accede desde el exterior  a través de una escalera adosada al muro meridional, que nace a lado del pórtico. Remata en chapitel cónico. Cierra con cúpula de ladrillo por aproximación sobre repisas en los ángulos, construidas con vigas de madera y losas de ladrillo. En el cuerpo de campanas se abren, dos vanos de medio punto orientados al este y uno de medio punto orientado al sur, que alberga una campana. En la rosca del arco de dicho vano aparece grabada la fecha de 1867. La nueva cubierta colocada en 2008 es de metal.

Durante las labores de restauración de las pinturas murales en 2008 y 2009 se han recuperado restos pictóricos de gran interés en su cabecera.

Ocupando la zona alta de la bóveda presbiterial encontramos elementos de decoración geométrica: se trata de tres filas de círculos. Tres consecutivos en la central y dos parejas mayores en los laterales. En uno de los mayores parece haber una escena de psicostasis, una representación gráfica del peso de las almas por seres no naturales. El tema tiene su origen en el Egipto faraónico, popularizándose en la Edad Media. En el presbiterio sur hallamos una escena con tres personajes de porte distinguido (que debieron ser cuatro, faltando el más próximo al ábside) que se presta a interpretación. Los rostros de los extremos son barbados y el central es femenino. El tocado del situado más hacia la derecha recuerda a una mitra. Probablemente la escena esté narrando la ceremonia de consagración del templo en cuyo caso el mitrado podría ser el propio obispo Arnaldo Dodón.

El espacio correspondiente al presbiterio en su lado norte lo ocupa una escena de la Crucifixión de Cristo. Es un Calvario que a pesar de haber sido repicado para mejor sujeción de la capa que se añadió sobre estos muros muestra su buen estilo pictórico y el decidido empleo del color, como en el paño de pureza de Cristo. Destacan las caras de la Virgen y de San Juan flanqueando a Cristo. Sus nombres están explicitados sobre fondo negro, resaltando el momento triste de la escena: MARIA - IOANNES.

En la unión entre la decoración de la bóveda y el cilindro del ábside hay una inscripción que se estructura en dos líneas superpuestas. La superior a base de trazos finos y sencillos, de color negro mientras que la inferior se realizó más elaborada: color blanco y módulo grande sobre fondo granate oscuro. La inscripción remite al momento de consagración del templo, y en ella puede adivinarse el nombre del obispo de Huesca Arnaldo Dodón (1130-1134) que la consagrará en 1131 según el acta hallada.  Este prelado acompañó al monarca entonces reinante, Alfonso I el Batallador en algunas de sus campañas militares. Estamos ante una lucha entre caballeros en la que el mejor conservado sería un guerrero islámico. Prestando atención a los detalles vemos que el jinete maneja las riendas de su montura con la mano izquierda, mientras que con la derecha empuña su verdadera arma: un crismón a modo de lábaro con el que va a vencer a su oponente merced a la ayuda de un ángel. No es esta una escena frecuente cuando lo habitual son grupos apostólicos o escenas del Antiguo Testamento. Tampoco es habitual en la historia el hecho de que un rey cristiano, previendo su final sin descendencia, en su campaña de Bayona de 1131 nombrara herederas del reino a las ordenes militares. Es el mismo año en que se consagra el templo por su compañero de campañas militares, el obispo Arnaldo Dodón. Quizá esa circunstancia sea la que inspiró la escena del caballero fiado de su victoria al crismón más que a lanza o espada, que no porta. Su tranquila expresión traduce su fe.

Preside la bóveda absidial Cristo en Majestad dentro de mandorla y rodeado por los tetramorfos.

En el interior del templo se conservan dos pilas bautismales de piedra, una de ellas de reducidas dimensiones y forma octogonal y otra mayor, de fábrica tosca. También puede verse un brazo de madera para lámpara de aceite pintado en rojo, amarillo y azul, representando un águila de alas desplegadas. Completan la relación de bienes muebles la calajera de madera sita en la sacristía, los dos depósitos para diezmos de piedra y dos estatuas de fábrica actual representando a San Esteban y la Inmaculada. En la última restauración se encontró la lipsanoteca con el acta de consagración del templo.