El conjunto del recinto fortificado de El Mon de Perarrúa consta de una serie de elementos heterogéneos, que se han ido construyendo, modificando y superponiendo entre los siglos XI y XX, pero que componen un conjunto unitario, tanto en lo histórico como en lo arquitectónico, testimoniando la ocupación ininterrumpida de un enclave y la evolución del mismo desde fortaleza militar a centro religioso de un pequeño territorio.
Está ubicado en un escarpe alargado, con defensas naturales en el costado este y el extremo sur, que lo hacen inaccesible por esos lugares. La fortificación propiamente dicha se encuentra básicamente en los lados norte y oeste. El primero de ellos está protegido por los restos de una gran torre altomedieval, prolongada por el costado este mediante una muralla y un cubo semicircular que, aunque fruto de reparaciones posteriores, puede corresponder al trazado del recinto original. En el extremo sur de este muro se encontraba el que hasta fechas muy recientes fue el acceso al castillo, que se realizaba a través de un paso cubierto adosado a un lateral de la abadía o casa parroquial. Esta a su vez se adosaba a los pies de la iglesia de San Clemente, formando las tres construcciones un bloque aproximadamente rectangular que cerraba visualmente el conjunto por el sur; tras varias décadas de ruina paulatina, en 2021 se produjo el hudimiento definitivo del paso cubierto y la casa abadía, que ha supuesto una périda importante para el conjunto. Otros elementos constructivos existentes en el interior del recinto son dos aljibes situados ante la fachada de la iglesia, un horno adosado a la torre y el cementerio, ubicado entre la torre y la iglesia. En las zonas en que el escarpe natural no hizo necesaria la fortificación del conjunto, el recinto está delimitado por un murete de mampostería de escasa altura.
El elemento más antiguo es la torre, de la que se conserva solamente la parte norte, en lo que debió de ser la casi totalidad de su altura. Era una construcción de gran tamaño, cuya planta pudo ser, según lo conservado, de forma circular o ligeramente ovalada. En altura el muro se aparta ligeramente de la vertical, por lo que en alzado debió de ser cónica. Las caras interna y externa del muro, con un relleno de mampostería y abundante argamasa entre ambas, están realizadas en sillarejo de pequeño tamaño, que alterna sin ningún tipo de orden la soga y el tizón, con grandes variaciones de tamaño, siendo en conjunto su factura más tosca que otras torres contemporáneas como las de Fantova y Abizanda.
Está construida sobre la roca, con un basamento interior macizo que sirve para nivelar el declive del terreno por la parte más oriental. Debió de constar de 4 plantas, de las que se conservan los correspondientes mechinales para insertar las vigas y los retranqueos destinados a servirles de apoyo. La inferior, a modo de almacén, no presenta ningún vano, según es habitual en otras torres de la época. En la segunda planta se encuentra la puerta, consistente en un gran vano con derrame al interior cubierto con bóveda de cañón, cuya zona más exterior está desmoronada. En la tercera se abren dos ventanales en arcos de medio punto de estrechas dovelas, flanqueando en altura la puerta de la planta inferior, más un tercer vano hacia el extremo este, con funciones de letrina; si bien al interior su abertura es similar a los dos restantes, hacia el exterior abre únicamente una estrecha ranura vertical. En la última planta se abre un único vano, con su remate desmoronado. El estado de ruina de la parte superior impide conocer cómo cerraba en altura la torre. La construcción, según antiguos testimonios, lleva ya en similar estado de ruina al menos un siglo, que viene además a confirmar la construcción de un horno (finales del siglo XIX o primer tercio del XX) adosado a sus restos.
Originalmente debió de contar con un recinto fortificado, habiéndose supuesto (Pladevall, 1996) que la torre podía estar situada en el extremo más débil de este, con el fin de cerrar el acceso por este lugar. El trazado del cinturón defensivo, por la lógica impuesta por el terreno, probablemente sería muy similar al del recinto conservado actualmente. A lo largo del costado oeste del conjunto se extiende en la actualidad una muralla asentada en la roca, sobre el camino de acceso, en la que se inserta un cubo circular (según tipología que aparece a partir del siglo XIII) inmediato a la actual puerta de acceso y como protección de la misma. Dicho muro, que supone una continuación de la torre, muestra un aparejo de mampostería bastante irregular, probablemente posterior al de la torre. Sólo algunos grandes sillares situados en la zona más próxima a ésta pueden corresponder a la construcción original, siendo el resto fruto de reparaciones o reconstrucciones realizadas a lo largo de la época medieval.
El acceso al recinto estuvo protegido en los últimos siglos, hasta su derrumbe en 2021, por un cuerpo de edificio prismático, realizado en mampostería con refuerzos de sillarejo en las esquinas y restos de revoco. Se cubría con losa a dos vertientes de muy distinta longitud. Estaba adosado a uno de los costados de la casa parroquial. La puerta era adintelada con viga de madera al exterior. El camino de entrada pasaba por debajo de esta construcción, a modo de paso cubierto dividido en dos tramos: el primero cubierto con bóveda de cañón muy rebajada y el segundo con forjado de vigas y bovedillas de escayola. Al interior de este cuerpo de edificio se accedía directamente desde la abadía. Desconocemos su distribución interior, aunque debía de tener dos o tres plantas, en la superior de las cuales se abría una pequeña ventana cuadrangular, único hueco al exterior. De gran interés por su ubicación y su integración en el conjunto, esta construcción debió realizarse en época moderna (quizá en el siglo XVIII o XIX) y sustituir a la construcción original que protegía el acceso al recinto.
La abadía, también desaparecida en la actualidad, era una vivienda estrecha y muy alargada, que por el extremo opuesto al paso cubierto se adosaba a los pies de la iglesia, transversalmente al eje de la misma. Estaba realizada en mampostería y cubierta con losa a dos aguas. Lo más peculiar era su estructura, fruto de su adaptación al escaso espacio disponible: presentaba dos cuerpos, uno prismático, con cubierta a dos aguas que vertían en paralelo al eje del conjunto, donde se situaba la fachada, que sobresalía del bloque compuesto por abadía e iglesia; y otro rectangular, que propiamente era la prolongación de la iglesia, cuyas vertientes se sitúaban perpendiculares al eje mayor del recinto. No presentaba ningún elemento decorativo especialmente remarcable, radicando su interés en la estructura comentada y en el hecho de formar parte inseparable del conjunto de iglesia-abadía-cuerpo de acceso al recinto.
Otro elemento destacado de este conjunto es la iglesia de San Clemente. Es un edificio que, a pesar de haber sido datado por algún autor en el siglo XVIII, no presenta rasgos adscribibles de forma inequívoca a ese período (salvo la pintura mural y los altares, poco determinantes en este sentido); a falta de mayor evidencia documental, pudo haberse construido en cualquier momento entre la segunda mitad del siglo XVI y el citado siglo XVIII. Es posible, sin embargo, pensar en la construcción en bloque, en esta última fecha, de la iglesia, la abadía y el paso cubierto.
Es un edificio de planta de cruz latina, con la cabecera orientada al este. Está realizada en mampostería con abundante mortero y refuerzo de sillares en las esquinas. Cuenta con dos portadas de acceso. La principal se sitúa en el costado sur. Está protegida por un pórtico en arco rebajado, sobre el cual se sitúa un elemento de gran interés por representar una solución muy poco habitual en la zona (el único elemento relativamente similar se encontraba en la cercana iglesia de Centenera, en el valle de Fantova, y está derruido en la actualidad); se trata de una galería, con antepecho de mampostería, que desde el coro alto da acceso a la torre; da la impresión de haber estado cerrada por un tejadillo de losas a un agua, hoy hundido. La portada propiamente dicha es en arco de medio punto, que sustituye a una anterior (visible desde el interior) también en arco de medio punto y actualmente cegada. La otra puerta, adintelada con bloque monolítico, se encuentra en el costado norte, frente a la anterior, y estaba protegida por un largo pórtico de madera actualmente hundido. Daba acceso a la zona del cementerio.
En el interior de la iglesia, tanto la nave y cabecera como las dos capillas del crucero están cubiertas con bóvedas de cañón, que apean sobre un sencillo entablamento. La cabecera, más baja que la nave, está separada de la misma por arco triunfal de medio punto doblado. Conserva el coro alto de madera situado a los pies, aunque en la actualidad ha desaparecido su balaustrada (reproducida todavía en fotografías publicadas en 1989, que permiten apreciar una obra de carácter popular de cierto interés, con balaustres torneados sobre amplio zócalo de madera con medallones tallados).
Además del altar mayor, en los ángulos situados entre el presbiterio y las capillas laterales hay otros dos altares, cuyos frentes están decorados con yeserías barrocas (rocallas, tornapuntas) pintadas; en el del lado sur aparece igualmente un escudo, en cuyo cuerpo se representa un monte cimado por una cruz y tres estrellas. Bajo el coro se encuentra la pila bautismal, cuya copa y fuste está decorados con acanaladuras.
Gran parte de los muros interiores se encuentran decorados por pinturas al fresco de carácter popular, datables a lo largo de los siglos XVIII y XIX (llegando quizá hasta el XX en algún caso). Las más antiguas serían los restos de decoración vegetal ejecutada en grises apenas visibles ya en las capillas laterales. Con posterioridad se realizaron el telón ilusionista del hastial de la cabecera y, en la bóveda de la misma, los jarrones, aves y Corazones de Jesús y María enmarcados por nubes, así como las tornapuntas del intradós del arco presbiterial. Los elementos pictóricos más recientes son las bandas verticales de flores y motivos vegetales situados en los muros laterales de la capilla mayor.
Volviendo al exterior, el campanario de la iglesia se sitúa junto a la cabecera, en el costado sur del edificio. Es de planta cuadrada y dos cuerpos, más uno de remate, separados por impostas relativamente salientes. En el segundo cuerpo se abren cuatro vanos de medio punto para campanas. El campanario está cubierto por el interior con una bóveda de medio cañón.
Ante la fachada de la iglesia, entre esta y el antepecho de mampostería que cierra el recinto, hay dos pequeños aljibes de planta aproximadamente cuadrada, excavados en piedra, parcialmente cerrados por losas planas. Pueden corresponder a la época de construcción del conjunto.
El último elemento de interés es un horno de pan, adosado a uno de los extremos de la torre medieval tras el derrumbe del resto de esta construcción. Es una construcción de tipo popular, similar a los hornos de pan exentos que existen en muchos otros pueblos. Está realizado en mampostería y poseía una cubierta de losas, en la actualidad casi totalmente hundida. Tiene planta rectangular, correspondiente al espacio destinado a masadería, prolongada por un espacio semicircular cubierto con casquete hemiesférico, que era la cámara del horno propiamente dicha. Este extremo semicircular sobresale del recinto junto a la torre, y es visible desde el exterior.