La ermita de Bascués es una construcción románica de sillería, de planta rectangular, nave única de tres tramos y ábside semicircular orientado al este.

Al interior la nave está dividida en tres tramos separados por dos arcos fajones que apean en capiteles lisos y columnas adosadas al muro, y está cubierta con bóveda de medio cañón en los dos tramos posteriores al presbiterio y con tejado de madera a dos vertientes el tramo de los pies, que apoyan sobre columnas adosadas de capitel liso, con una imposta que recorre todo el perímetro de la ermita.  Este tramo de los pies, donde se situaba el coro alto, fue fruto de una ampliación del templo. El coro fue desmantelado durante la restauración de la ermita. El ábside se cubre con bóveda de cuarto de esfera y en su centro se abre una ventana con arco de medio punto con derrama interior. Hay otro vano similar en el muro meridional del presbiterio.

La entrada principal se abre en el muro meridional y está formada por tres arquivoltas de medio punto, de las que la central, tiene la arista rematada con un baquetón, que apean en imposta. Sobre ella se halla un crismón trinitario con el anagrama de Cristo.

En el muro norte, en el primer tramo de la nave, se abre otra puerta en arco de medio punto.

La ermita tiene dos contrafuertes situados en las proximidades de las dos puertas de acceso.

En las inmediaciones de la ermita son visibles vestigios de un hábitat altomedieval con la presencia de muros, entalladuras y silos excavados en la roca arenisca.