Aunque se ha mencionado en algunas publicaciones la existencia de esta alberca en época medieval, sin aportar mayores evidencias, parece más razonable fechar su construcción en torno al año 1500 y considerarla una consecuencia de toda la reorganización del sistema de riegos de Huesca a partir de Nueno que tuvo lugar en la primera mitad del siglo XV y la construcción de diversas obras hidráulicas situadas en el nuevo trazado de las infraestructuras de abastecimiento de la ciudad ubicadas en la margen derecha del Isuela.

De hecho, un documento reproducido por Luis Mur Ventura en 1919 y actualmente desaparecido ofrece un testimonio que parece inequívoco en este sentido. Se trata de la concordia firmada entre el castellán de Amposta y el concejo de Huesca en 1497 por el que la orden de San Juan del Hospital, que detentaba el señorío de Chimillas, cedía en treudo a la ciudad el terreno para construir la alberca para almacenar el agua proveniente de la recientemente construida acequia mayor y regular el riego del término de Huesca. El texto del documento resulta muy claro: “la dita ciudad demanda en dito pedazo de tierra para facer en el una grande estanca o represa para recoger et tener et conservar allí una gran multitud de agua para el tiempo de la estrechura de agua regar las tierras… Por lo cual daban a los magníficos Justicia, Jurados, Cencello y Universidad de Huesca el pedazo de tierra yerma o Paul, lugar oportuno et conducent para dita represa…”.

Este testimonio concuerda con un dato recogido por Federico Balaguer, según el cual la alberca de Cortés (llamada también en la época alberca Mayor) fue construida en 1501 por Guillem Bertín.

Todo ello es acorde también con lo que sabemos acerca de la evolución del sistema de riegos de la ciudad de Huesca, que sufrió una importante transformación en el siglo XV a partir de la construcción de un azud en Nueno entre 1429 y 1445 y el trazado de una nueva acequia mayor que, a partir de este azud, conduciría el agua hacia Huesca por la margen derecha del Isuela (sustituyendo las antiguas infraestructuras de la margen izquierda) llegando hasta esta alberca, que fue construida en un emplazamiento determinado por la existencia de un nuevo sistema de riego ya consolidado según Cuchí y Garcés.

Ha sufrido numerosas reconstrucciones y reparaciones a lo largo de su historia. Quizás la más importante es la que tuvo lugar en 1928-1929 a raíz de la nueva obra de recrecimiento del pantano de Arguis y el aumento de la cantidad de agua derivada a partir de él para el riego del entorno de Huesca. Ello hizo necesario aumentar la capacidad de la alberca de Cortés y llevar a cabo la reconstrucción y ampliación de los brazos laterales de su presa, otorgándole el trazado que presenta en la actualidad.