Se trata de una iglesia tardorrománica, que sufrió reformas posteriores y fue objeto de una importante restauración tras la guerra civil. Consta de una nave rectangular, con un cuerpo añadido por el lado norte donde se suceden una sacristía, dos capillas y un baptisterio, y cabecera semicircular orientada hacia el este. La torre se eleva a los pies de la iglesia, adosada a la parte central de la nave.
Debe ser objeto de un cuidado análisis, pues el edificio altomedieval no solo sufrió algunas reformas y añadidos posteriores a veces mal interpretados, sino que resultó muy modificado, especialmente por lo que se refiere a su exterior, con la reconstrucción del siglo XX.
Al exterior destacan hoy sobremanera sus grandes contrafuertes con remate en ángulo, dispuestos a lo largo del lado sur de la iglesia y en torno a su ábside, cuya cúspide llega hasta el arranque de un tejado sostenido por canecillos. Los contrafuertes son obra antigua añadida a la iglesia como refuerzo en un momento que desconocemos (se ha dicho que en el siglo XVI), pero toda la estructura de cubierta es producto de la actuación de Regiones Devastadas, pues sabemos gracias a una fotografía de Lucien Briet de principios del siglo XX, que sobre la actual línea de tejado se añadió en el siglo XVI un recrecimiento de ladrillo abierto mediante una galería de arquillos característica de esa época, cuya finalidad era airear la parte superior de las bóvedas. También tras la guerra civil fueron añadidos a los muros algunos elementos decorativos de los que con seguridad carecía la obra original, como los arquillos de carácter lombardo que decoran hoy el exterior de la sacristía y el baptisterio.
El elemento más interesante y singular de su exterior es la portada, abierta en el penúltimo tramo de la nave por su lado sur. Consta de un vano en arco de medio punto cuya rosca está configurada por un pronunciado almohadillado, enmarcado por cinco arquivoltas también almohadilladas, a excepción de la exterior, que presenta una decoración en zigzag muy desgastada. Las arquivoltas apean en columnas (reconstruidas) rematadas por capiteles con decoración vegetal, la mayor parte de los cuales son originales; tanto las jambas de la puerta como los intercolumnios cuentan con decoración almohadillada que prolonga la de las arquivoltas superiores y que es producto de la “recreación” llevada a cabo tras la Guerra Civil, según atestiguan fotografías de José Galiay Sarañana, custodiadas en el Archivo Históirco Provincial de Zaragoza, anteriores a la contienda. Sin embargo, estas fotografías nos confirman que tanto el almohadillado del arco como el de las arquivoltas corresponden a la iglesia medieval original. Aparte de que se hayan buscado paralelismos de este motivo decorativo de la portada con la iglesia tardorrómanica de Santiago del Burgo de Zamora, en las proximidades de Apiés podemos encontrar otros ejemplos similares en la ermita de la Virgen de Ordás en el término de Nueno (de principios del siglo XIII) y en la ermita de Santa Águeda de Loarre (finales del siglo XII o principios del XIII), lo cual concuerda con la cronología que puede desprenderse de una buena parte de los elementos del interior.
Pasando al interior, la iglesia presenta una nave de tres tramos y cabecera poligonal. La nave está cubierta mediante bóveda de cañón apuntado reforzada por arcos fajones del mismo perfil, mientras que el ábside, separado de la nave por un arco triunfal también apuntado, lo hace mediante bóveda nervada, cuyos nervios apean en ménsulas voladas con decoración vegetal. Si bien se ha afirmado en algunas publicaciones sobre el edificio que este ábside es producto de una reforma del siglo XVI, creemos que sus características y técnicas de cubrición son coherentes con el estilo tardorrománico de la nave y pueden muy bien ser contemporáneos.
La dos capillas laterales, que se abren en el primer y segundo tramo de la nave mediante embocaduras en arco de medio punto, son espacios de planta rectangular cubiertos por bóvedas de crucería simple que parecen haber sido realizadas en época bajomedieval, en estilo gótico.
También el baptisterio, con acceso situado bajo el coro, está cubierto con bóveda de arista, mientras la sacristía, adosada al lado norte del ábside lo hace con bóveda de arista.
El coro alto, a los pies, es de construcción contemporánea, fruto de la actuación de Regiones Devastadas. Sin embargo debe destacarse el acceso a la torre, situado en su interior. Se trata de la puerta original, muy estrecha, coronada por arco de medio punto sobre el que se sitúa un interesante dintel que presenta en su base dos toscas cabezas en relieve unidas por una banda con decoración incisa en zigzag.
La torre adosada a los pies de la nave, de planta cuadrangular, está formada por tres cuerpos de sillería; el segundo cuerpo ensancha su perímetro a través de una imposta volada de dos cuartos de bocel superpuestos y el tercero, que corresponde al campanario se abre mediante cuatro ventanas dobles decoradas con sencilla imposta que parecen también producto de la intervención del siglo XX, pues antes de la guerra civil se encontraban cegadas, ya que el campanario se prolongaba en altura mediante un cuerpo cuadrangular de ladrillo y un chapitel octogonal de época barroca.
Como curiosidad debe indicarse que la pila bautismal, con copa decorada con motivos avenerados, cuenta con una inscripción que atribuye su construcción en 1706 a un maestro llamado “EL RIO”, que parece ser el mismo Esteban Río (“filius loci de Apies”) que firmó una de las puertas de la casa situada en los números 20-22 de la calle Mayor de esta localidad.