Es un edificio de estilo románico tardío que incorpora algunos elementos protogóticos en su arquitectura. En la actualidad tiene una planta aproximadamente cuadrada, con cierre absidial recto orientado al este; es producto de una reforma, ya que la ermita se prolongaba por la cabecera en un ábside que desapareció, siendo sustituido por un nuevo muro de cierre. Está realizado en sillería de arenisca.

Por el exterior, en el muro este, puede verse el perfil apuntado del extremo de la bóveda de la nave, que se prolongaría en el desaparecido tramo del ábside. Se ha imaginado que este ábside tendría forma semicircular, pero pensamos que, dada la concepción protogótica del espacio interior, cubierto con bóveda de cañón apuntado, pudo cerrarse con un ábside recto, como sucede en la cercana ermita de Nuestra Señora de Gaberdola (Loscorrales).

La fachada se encuentra en el lado sur, donde se conservan los canecillos originales, en general de perfil convexo, si bien entre ellos hay algunos de sección cóncava.

En ella se abre la portada, que en origen debía quedar ligeramente descentrada hacia los pies del edificio. Es un espectacular vano en arco de medio punto, cuyo intradós está festoneado por una sucesión de modillones. Se encuentra enmarcado por cuatro arquivoltas abocinadas que alternan los baquetones gruesos y los finos y una moldura exterior decorada con ajedrezado jaqués. Los baquetones finos apean en semicolumnas talladas sobre las propias jambas y los gruesos lo hacen sobre capiteles cuyas columnas se han perdido (si bien se conservan algunas de sus basas), que presentan esquemáticos trabajos de talla: dos de ellos, una sucesión de líneas en zigzag y los otros dos, motivos vegetales coronados por palmetas. Sobre la portada, entre dos canecillos, se conserva un estilizado crismón trinitario de ocho brazos muy desgastado por la erosión que se ha supuesto procedente de otro lugar y recolocado en la ermita.

Su interior en la actualidad es un espacio unitario al que se accede descendiendo por una escalera de piedra cerrada con un pretil del mismo material. Está cubierto por una bóveda de cañón apuntado que arranca de una imposta en cuarto de bocel que recorre los muros laterales aproximadamente a un metro del enlosado.

Decorando el ábside hay una pintura mural en forma de retablo, muy dañada, que presenta en sus tres calles las siluetas de tres santas (la central de las cuales sería santa Águeda) y está coronada por un calvario. Parece datar del mismo momento en que desapareciera el ábside original y se construyera el actual muro de cierre que, a tenor de las características de las pinturas, podría situarse con ciertas reservas en los siglos XV o XVI.