Se trata de un conjunto compuesto por una gran iglesia, que en origen fue románica pero fue absolutamente remodelada y transformada posiblemente en dos ocasiones (a comienzos del siglo XVI y en las últimas décadas del XVII), y una hospedería también de grandes dimensiones adosada a su cabecera, que parece datar del siglo XVI y haber sufrido también sucesivas reformas a lo largo de su historia. Asimismo, en sus proximidades se encuentra la ermita de Santa María de las Montañas, en el lugar donde según la tradición estuvieron enterrados los cuerpos de san Úrbez y los santos Justo y Pastor hasta sus respectivos traslados, y un considerable conjunto de cruces de término en todos los caminos que conducían al santuario (todas las cuales cuentan con ficha propia).
La iglesia en origen, a comienzos del siglo XII, debió de ser un enorme edificio con planta de cruz latina, una sola nave, crucero dotado de dos absidiolos que no son visibles desde el exterior y ábside semicircular orientado hacia el este. Sin embargo, de este templo románico solo se conservan el gran crucero y lo que debió ser el arranque del primer tramo de la nave (reconvertido en el actual ábside), ya que suponemos que a principios del siglo XVI el templo fue reorientado, se derribó el antiguo ábside y en su lugar se construyeron dos tramos de nave y también fue demolida toda la nave original románica manteniéndose solo el pequeño tramo de inicio reconvertido en ábside de la actual iglesia. En época barroca se procedería a una absoluta remodelación del interior, con la construcción de las capillas del crucero y de las actuales bóvedas, a lo cual se añadiría la portada (en la que consta la fecha inconclusa de “17”) y el pórtico; la obra estaría terminada en 1701, año en que las reliquias de san Úrbez fueron trasladadas a “la iglesia recién construida” desde la ermita de Santa María de las Montañas.
De este modo, hoy es un templo de un nave de dos tramos, crucero y pequeño ábside recto orientado hacia el oeste, al que está adosado por el exterior el edificio de la hospedería.
Son muchos los elementos de interés visibles en el exterior, de entre los que podemos destacar varios. Los más interesantes se concentran en el crucero románico por el lado sur: por un lado, sus esquinas están reforzadas por conjuntos de tres pilastras dispuestas de forma escalonada que arrancan de zócalos semicirculares; por otro, presentan varios vanos, aspillerados y cruciformes, que parecen corresponder también a la construcción románica. Asimismo, a continuación del crucero sur (hacia el oeste) se conserva una puerta que debió ser una de las originales del templo: es un gran vano en arco de medio punto que se cegó parcialmente y en cuyo interior se instaló una puerta de medio punto coronada por un frontón triangular y flanqueada por jambas ligeramente resaltadas; además, en el interior de esta puerta se conserva un crismón trinitario románico que originalmente debió estar situado en el tímpano exterior de la puerta. Por otro lado, los dos tramos de la nave de época moderna cuentan con grandes contrafuertes de remate ataludado. Asimismo, debe destacarse la sacristía, un sencillo volumen rectangular adosado parcialmente al crucero norte, que presenta una ventana con el dintel y las jambas biselados y una inscripción en relieve con la fecha “AÑO 1629”.
El actual acceso se abre a los pies del templo, en su extremo oriental. Está precedido por un pórtico cuadrangular abierto por su frente mediante un gran arco de medio punto y, por los laterales, mediante sendos arcos de medio punto de menor altura. La portada es un sencillo vano en arco de medio punto sostenido por pilares y flanqueado por pilastras que sostienen un austero entablamento moldurado. Repartida en las enjutas del arco puede leerse la inscripción “HIZOSE A COSTE DEL COLEGIO REAL DE SANTIAGO Y DE LAS VALLES DE NOZITO Y SERRABLO SIENDO PRIOR D BARTOLOME VILLACAMPA” y junto a ella, sobre las pilastras laterales, la fecha inconclusa “AÑO 17”. Sobre el arco hay restos de una hornacina en arco de medio punto, hoy cegada.
Al interior se alza una nave de dos tramos, que ocupa el espacio donde se encontraría el ábside original, crucero al que se abren dos capillas barrocas mediante sendos arcos de medio punto que redujeron la altura del transepto románico y un corto tramo absidal que ocupa lo que debió ser el primer tramo de la nave medieval. Todos los espacios están cubiertos con bóveda de cañón con lunetos a excepción de uno de los brazos del crucero, donde se conserva una bóveda medieval.
El elemento de mayor interés es el crucero, pues se trata del crucero románico original. En los muros orientales de sus brazos se abren sendos absidiolos semicirculares, no acusados al exterior, cubiertos con bovedillas de cuarto de esfera, que recuerdan ligeramente los existentes en el crucero de la iglesia de Santa María de Santa Cruz de la Serós. Además, en el brazo sur del transepto, el derrumbe parcial de la obra barroca permite ver la enorme envergadura que tuvo el crucero románico, con un arco de medio punto situado a gran altura y sustentado por columnas, una de las cuales conserva restos de un ajedrezado jaqués y lo que parece un relieve que representa una figura humana; también puede verse una bóveda de arista que cubriría el transepto románico (si bien parece que en origen estuvo cubierto con una bóveda de cañón, de cuyo arranque quedan vestigios).
También destaca la puerta de la sacristía, un vano en arco de medio punto decorado por sogueado y relieves que se prolongan a lo largo de las jambas y parece corresponder a la fecha de construcción de este espacio (1629). Y en el interior de la sacristía podemos encontrar una puerta en arco de medio punto, parcialmente cegada y enmarcada por dos anchas arquivoltas, que pudo haber sido otro de los accesos románicos originales del templo, situado en su lado norte.
Tiene coro alto a los pies, continuado por sendas galerías a lo largo de los laterales de la nave, cuyos extremos están sustentados por columnillas de orden toscano.
Asimismo, debe destacarse en el interior la pila de agua bendita, con una copa de carácter popular que muestra relieves de san Úrbez como pastor y cabezas aladas de ángeles, así como un pie realizado con un capitel románico con motivos vegetales que procedería de la obra medieval original.
Sobre el muro sur del ábside se eleva la torre campanario, de escasa altura, con un vano de medio punto para campanas y remate a dos aguas.