La ermita de San Caprasio se localiza a 834 metros de altitud, en la cota más alta de la sierra de Alcubierre y de toda la zona central del Valle del Ebro. Su situación de atalaya privilegiada pudo favorecer el asentamiento de algún tipo de centro religioso, que apoyase la cristianización de esta parte del territorio durante la Edad Media.

En este sentido, se han apuntado hipótesis que relacionan el nacimiento o desarrollo del santuario con el cenobio cisterciense de Asteruelas, el poblado que creció próximo a éste y la desaparecida ermita de San Onofre, cercana ya a Leciñena.

En los alrededores de la ermita, se localizan numerosas cuevas excavadas en la roca utilizadas como eremitorios. Algunas han sido cuidadosamente habilitadas por los Hermanos de Jesús de Farlete y siguen en uso en la actualidad. 

Se trata de una costrucción sencilla a base de piedra del lugar sin trabajar y mampostería, que se asienta en la roca, adaptando a ella el perímetro de sus muros, reforzados por contrafuertes en distintos puntos. 

Pasando el sencillo ingreso, situado en el lado sur, hay un pequeño recibidor con una habitación a cada lado. Ambas cuentan con un hogar, alguna alcoba y armarios excavados en la roca.

Cruzando este recibidor, unas escaleras a la derecha conducen a un piso superior situado sobre la techumbre de la iglesia. A la izquierda de estas escaleras, se abre un amplio salón y, a la derecha, una estancia menor con fuego.

Al fondo del recibidor, y dejando las mencionadas escaleras a la izquierda, unos pocos peldaños dan acceso a la ermita. Ésta es de planta rectangular, algo irregular debido al terreno, con un banco corrido alrededor y techumbre plana.

El presbiterio está ligeramente elevado respecto a la nave y separado de esta mediante un arco triunfal de medio punto ligeramente rebajado. Sobre el altar de obra, adosado al muro testero, hay dos pequeños óculos de iluminación. Los muros laterales presentan dos grandes hornacinas, junto a las que se abren dos más pequeñas.