La ermita es una construcción de planta rectangular, realizada en mampostería encalada y cubierta al exterior con teja árabe a dos aguas. Su aspecto actual es fruto de profundas transformaciones, aunque en origen sería un edificio de una nave, con cabecera semicircular, de características románicas, orientada al este. Tenía una puerta en arco de medio punto situada en el extremo occidental del edificio, con un relieve no conservado representando un Pantócrator sobre ella. También corresponde al edificio original la disposición del interior, en nave única, cubierta por bóveda de medio cañón sustentada por arcos fajones rebajados y de gran luz embebidos directamente en el muro.

Posteriormente el edificio fue reorientado y se eliminó la cabecera semicircular románica. Se cegó la puerta original y se colocó la cabecera en el extremo oeste del edificio, mientras que en el lugar de la antigua cabecera se construyó un muro plano en el que se abrió una puerta de acceso adintelada.

El edificio de la ermita tiene adosadas a su costado sur los volúmenes de edificaciones auxiliares, coronados en el lado de los pies por una espadaña de un ojo en arco de medio punto.

La ermita de San Juan fue construida en estilo románico durante los siglos XII-XIII, conservándose únicamente de este primer momento la portada original, cegada en la fachada occidental, y su disposición interior en nave única cubierta por bóveda de medio cañón sustentada por arcos fajones rebajados. Su aspecto actual es fruto de profundas transformaciones realizadas a lo largo de la historia, fundamentalmente en los primeros años del siglo XX.