La iglesia de Alcaine es una obra de mampostería con tres naves de tres tramos, la central con bóveda de medio cañón con lunetos y las laterales con bóvedas falsas de nervios formando octógonos y la cabecera, cúpula sobre pechinas y linterna.

La torre se halla a los pies y es de tres cuerpos de ladrillo teniendo ventanales ovalados en el primer cuerpo, el segundo es ochavado con decoración de arena y en el tercero es octogonal con pilastras estucadas. Es una de las torres que muestra la pervivencia del arte mudéjar en época posterior, ya que, aunque sea una obra de época  y estructura barroca, su proporción se relaciona con las torres de época precedente.

La capilla mayor presenta cúpula elíptica y linterna con decoración dieciochesca; con un retablo de estuco, similar al de Villarquemado, atribuido a Dobón y Jordan.

Al exterior se acusan los volúmenes de las tres naves y la linterna de la cúpula de la cabecera, que corona un cuerpo prismático ligeramente elevado.

Portada en la nave de la epístola con sencillo arco de medio punto con chambrana y una curiosa cripta excavada en la roca con enterramientos momificados.