La iglesia presenta en su cabecera, en los contrafuertes exteriores, elementos decorativos de tradición mudéjar. Consta de una nave única con capillas laterales, ábside semicircular y coro alto, todo ello cubierto con bóvedas de crucería estrellada. La cabecera posee un camarín para la imagen de la Virgen del Olivar y varias dependencias adosadas, además de una cripta bajo el altar mayor, donde se encuentran enterrados los marqueses de Palafox, que devolvieron el Monasterio a la Orden en 1878. Portada clasicista a los pies, protegida por un atrio.