La construcción dio inicio en 1893, siendo sus directores los ingenieros Ignacio Bosqued y Francisco Cano, con Francisco Bernad como gerente.
En 1899 se añadieron unos almacenes de varios efectos y talleres de herrería, calderería y carpintería dentro del solar de la fábrica.
En agosto de 1913 se realizan obras de ampliación en los edificios de carbonatación y de tachas y turbinas, proyectos de Sánchez Vidaurreta. También se levanta la segunda de las chimeneas de la fábrica, la más baja de las que hoy contemplamos, que alcanza 65 metros y llegó a contar con pararrayos.
La anterior chimenea data de la primera época y asciende hasta los 80 metros. Por ésta ya ascendían los humos procedentes de la primera sala de calderas, pero al construirse una nueva hubo necesidad de conectar los humos a una chimenea de nueva planta.
En 1920 se instaló una báscula de puente para el pesaje de la mercancía junto a la línea del ferrocarril. De este año data la primera gran ampliación de edificios de la azucarera, incorporando volúmenes en ladrillo.
En 1937 se procedió a la reconstrucción de los almacenes de azúcar a causa del incendio provocado por el bombardeo aéreo republicano.
En los años 50 y 60 se llevó a cabo una segunda y última ampliación de edificios motivada por una necesidad de aumentar la producción y la falta de espacio de almacenamiento.
A finales de 1967 se anunció un posible cierre de la Azucarera de Aragón; ésta quedó en pie pero no llegó a abrir sus puertas, únicamente funcionó como báscula automática, a fin de enviar la remolacha posteriormente a otras factorías donde la mercancía se represaría.
Tras el cierre de la factoría, se desmantelaron parte de las instalaciones de la fábrica. Desde ese momento el complejo no ha tenido ningún uso, aparte del de depósito municipal del Ayuntamiento.
En 2014 se inicia la rehabilitación de la casa del director, con vistas a dedicarla a un nuevo uso. Sin embargo, los trabajos no llegan a concluirse.