La ermita de Nuestra Señora de Sescún es un edificio de origen románico del siglo XIII de alargada planta rectangular con nave única y cabecera plana orientada al este, construido en piedra sillar y con cubierta a doble vertiente.

En el exterior la fábrica románica de sillería se conserva en su práctica totalidad, excepto el muro norte que fue rehecho en uno de sus tramos con mampostería, y la escasa articulación de los paramentos se reduce a la apertura de tres accesos diferentes.

La entrada del muro de poniente, a los pies del templo, consta de dos arquivoltas con guardapolvo decorado con puntas de diamante. Sobre esta portada se abrió un pequeño vano y posteriormente la fachada fue recrecida con sillarejo.

En el muro sur se encuentra otra portada de medio punto doblado y enmarcado con una moldura en nacela que apoya sobre imposta. La fachada meridional conserva en la parte superior la cornisa de piedra original.

En el muro norte hay una tercera puerta cegada en la actualidad.

En el interior se cubre con bóveda apuntada dividida mediante arcos fajones. En origen estuvo dividida en cinco tramos mediante cuatro arcos fajones apuntados, pero en la actualidad solo se conservan dos de ellos, uno en el tramo próximo a la cabecera que apean en capiteles lisos sobre columna y otro a los pies que apea en un pilar. Los dos arcos fajones centrales se retiraron para poder abrir un gran vano en el muro norte que se encuentra cegado en la actualidad.

La ermita contó con coro alto a los pies que fue retirado durante una de las restauraciones.