El actual conjunto parroquial de Pertusa se levanta en el emplazamiento de una antigua iglesia románica, dedicada a Santa María y finalizada en 1182. De este edificio original se conservan actualmente una cripta y algunos restos de muros, integrados en el nuevo edificio barroco que la sustituyó.

En el costado norte de la iglesia hay un claustro renacentista, elevado sobre otro medieval. Junto a él, la torre renacentista, el elemento más destacado del conjunto.

La iglesia, construida en sillería, consta de nave única con capillas laterales y ábside semicircular sobreelevado debido a la cripta situada debajo. La nave cubre con bóveda de cañón sobre un friso corrido, mientras que el crucero lo hace con cúpula oval sobre pechinas. Tiene coro bajo a los pies, separado por una reja.

La portada, precedida de una escalinata, se abre en el muro meridional. De gran sencillez, está decorada con columnas adosadas. En el muro septentrional se abre la portada de acceso al claustro. De estilo barroco, la portada tiene un arco de medio punto con intradós decorado a base de cuadros con relieve que inscriben rosetas. Se halla flanqueada por columnas adosadas que se prolongan hasta la imposta que culmina la portada.