Del primitivo castillo apenas quedan algunos restos de los muros que conformaron el recinto murado de planta trapezoidal en cuyo lado menor abría la puerta, y también tenía adosado uno de los lados menores de la torre del Homenaje.
La torre es una construcción de sillería levantada sobre cimientos constituidos por un conglomerado de cantos rodados con arena y arcilla. Presenta planta ligeramente trapezoidal y cuenta en su interior con un muro vertical que la divide en dos zonas desiguales, situándose en la zona mayor los salones y teniendo la menor una función más específicamente defensiva, cuya intercomunicación sólo es factible en la segunda planta, teniendo un total de cuatro plantas.
La planta baja, semisubterránea, se cubre con bóveda de cañón y conserva una poterna de acceso desde el exterior y una puerta de comunicación entre las dos zonas; las dos plantas siguientes se cubrirían con forjados de madera apoyados en ménsulas, contando la planta superior con acceso a la sala de la zona contigua; la última planta se cubriría con techumbre de madera sobre arcos diafragma apuntados de piedra, sistema tradicional en la comarca que se inició con Loarre, Biel y Sádaba, y que aquí, como en los cercanos que se construyeron ya en época gótica, presenta la novedad de usar fajones de perfil apuntado; tres ventanales geminados de arcos apuntados y con sitiales laterales iluminan esta sala.
Al exterior sus cuatro fachadas tienen composiciones diferentes. La fachada oeste es la más sencilla, ya que en su paramento presenta únicamente dos aberturas y ambas desplazadas a la derecha; la que corresponde a la puerta de acceso es adintelada y con modillones redondeados; a la altura de la tercera planta se abre un ventanal adintelado geminado cuyo parteluz se ha conservado.
La fachada este muestra el hueco donde se situaba la puerta de comunicación con el recinto y que ha sido arrancada dentro de la costumbre de coger piedra de los castillos para uso particular y colectivo. En eje con la puerta se abren dos ventanales, el correspondiente a la primera planta es adintelado, el de la planta superior es geminado con dos arcos apuntados que ha perdido el parteluz. En este muro se pueden observar los huecos donde se encajaba la cubierta de una construcción adosada.
En la fachada sur se abren dos vanos adintelados y una saetera en la parte correspondiente a la zona menor, y dos ventanales geminados con doble arco apuntado en la zona mayor, destacando por su mayores dimensiones el que abre a la última planta, habiendo perdido en parteluz el vano inferior.
La fachada norte presenta en la zona mayor un vano geminado en doble arco apuntado y una saetera, abriendo en la parte derecha un vano adintelado y conservando un estrecho matacán que apoya sobre ménsulas lobuladas de piedra.
La cubierta del torreón era aterrazada y, al menos en el siglo pasado tuvo un remate almenado.
Junto a la torre han aparecido un aljibe cubierto con bóveda de cañón apuntado y los restos de una letrina.

El torreón de Navardún, como indicara C. Guitart, supone una continuación de la tradición constructiva de los castillos de la comarca de Cinco Villas, tanto en la calidad de su fábrica de sillar de buena traza, como en su estructura de gran torre con recinto amurallado.
Destaca por su altura, ya que sus casi veintiséis metros la convierten en una de las mayores de todo Aragón. El torreón ha perdido su remate original que debió ser almenado.
Sus fachadas muestran distintos tipos de ventanas, algunas de perfil gótico, así como dos accesos, uno al exterior y otro que comunicaba directamente con el interior del recinto y las construcciones en él emplazadas.