La ubicación de la iglesia, en un cruce de caminos, puede explicarse en su condición de albergue y hospital de peregrinos.
Algunos autores la datan en el siglo XIII y mencionan una Virgen románica fechada en este siglo como contemporánea a la construcción de la iglesia como parroquial. No obstante cabe aún emitir una hipótesis basada en la condición de musulmanes de los habitantes de Fréscano, que imposibilitaría la existencia de más iglesias que la parroquial, y esta se documenta en el siglo XIV al menos; Santa María de la Huerta bien pudo ser iglesia de un despoblado cristiano. En cualquier caso también se menciona en la documentación en la segunda mitad del siglo XIV. Por las pinturas murales, en estilo gótico lineal y por los materiales empleados cabe afirmar una cronología relativa tardía respecto a su traza, que puede corresponder a la primera mitad del siglo XIV.
En el siglo XVI se añade el presbiterio conservado actualmente, cubierto con bóveda de crucería estrellada, con nervios combados y terceletes.
La iglesia actual mantiene gran parte de la obra originaria, habiéndose modificado tan sólo por la reforma de la cabecera y la construcción de una capilla.
De lo conservado parece deducirse que el edificio primitivo se organizaba en una sola nave, sin capillas, dividida en cuatro tramos, con pórtico único a los pies. Se ha documentado arqueológicamente la existencia de un ábside semicircular del que pueden contemplarse los cimientos con un material diferente.
Constructivamente la obra se resuelve con soporte de muros en mampuesto y cubierta de cañón apuntado, reforzados por arcos fajones hasta el suelo, apuntados, bastante toscos y carentes de molduras, con tejado apoyando directamente en la cubierta. Estos arcos fajones se sustentan en pilastras lisas adosadas a los muros laterales. Adosado al muro de la Epístola aparece un púlpito, obra de fábrica y yeso.
Posteriormente, durante el siglo XVI, se añadió el cuerpo de la cabecera, de mayores dimensiones, y cubierto por bóveda estrellada de terceletes y combados, y una capilla de planta cuadrada abierta en el muro norte, cubierta por bóveda de arista.
Interiormente solo se destaca una línea de impostas de sección nacelada, y la forma apuntada de la bóveda, junto a la sección rectangular de los arcos fajones.
Al exterior, de la obra románica quedan las cajas de piedra y sillarejo en muros lisos sin contrafuertes y alero en el que destacan los canecillos realizados en piedra y con diversas formas muy utilizadas en el románico, como los modillones. Se forman éstos con triple rollo con y sin aletas, con doble rollo y nacela central, o con bocel único o nacela única. Quedan restos de la pintura exterior, que en los modillones es roja y azul alternativamente.
Del siglo XIV queda un volumen simple de tapial y ya del siglo XVI es la obra de tapial con ángulos reforzados con ladrillo, contrafuertes de ladrillo en las esquinas.
Actualmente el acceso se encuentra a los pies de la ermita. Se trata de una sencilla portada doblada, de medio punto, bajo un óculo de iluminación de la nave.
También a los pies, se ubica una espadaña que alberga la campana.