El edificio presenta tres naves, crucero alineado y cabecera recta.
Las naves laterales se cubren con bóveda de arista, la central y los brazos del crucero lo hacen con bóvedas de cañón con lunetos. El crucero se cubre con cúpula de lunetos sin tambor, algo rebajada y con linterna, y la cabecera con casquete nervado con lunetos. Entre estos nervios también se disponen algunos vanos.
A los pies de la nave central, sobre el atrio, cubierto con bóveda rebajada de lunetos, se dispuso una tribuna que da a la nave central.
La decoración, a base de estucos de motivos vegetales -flores y guirnaldas colgantes-, se concentra en las pilastras, las cornisas y los nervios; así mismo, en la cabecera aparecen los escudos de los castellanes de Amposta de la Orden de Malta, en estuco policromado.
El exterior, muy sobrio, presenta fábrica de ladrillo sobre un zócalo de piedra, quedando oculto el muro de la derecha y parte de la cabecera por la construcción que alberga la comunidad de las Hermanas Nazarenas.
En el lado izquierdo destacan, sobre el amplio basamento de sillar, las pilastras que marcan los tramos de la nave lateral, sobre la que se observan los contrafuertes.
Asimismo destaca el cuerpo octogonal que envuelve la cúpula y la linterna de vanos de medio punto y remate de chapitel semejante al de la torre; cuerpo y linterna presentan como único detalle decorativo un alero formado por un filete en saledizo, pequeñas ménsulas y fila de ladrillo aplantillado, composición que se repite en la cabecera.
La fachada, precedida por una escalinata, muestra una composición severa estructurada por cuatro pilastras que sostienen un sencillo entablamento rematado en la parte central con un frontón triangular. La portada, barroca, se sitúa en el paño central, está realizada en piedra y consta de dos cuerpos, en el inferior abre la puerta bajo arco de medio punto moldurado y flanqueado por pilastras con capitel compuesto que sostienen un entablamento en cuyo centro se talló un crismón; el cuerpo superior está formado por una hornacina con decoración churrigueresca que aloja la imagen del santo titular, entre pilastras y rematada con frontón curvo terminado en volutas al interior. Completan la decoración de la portada relieves en las enjutas del arco de ingreso y flanqueando la hornacina.
La fachada de la iglesia de San Juan de los Panetes, tanto por su configuración como por su elevación sobre el nivel de la plaza que la precede, adquiere apariencia de fachada-telón. No guarda correspondencia con el alzado interior, ocultando la diferencia de altura de las naves; únicamente las pilastras que la recorren verticalmente mantienen la correlación de la división interna.
La severidad compositiva queda mitigada por la dinámica y ornamentada portada pétrea y por el zócalo de sillar que se quiebra para conformar los plintos moldurados de las pilastras cajeadas que flanquean la puerta.
En la portada, que sigue esquemas churriguerescos, hay que reseñar la calidad de la deteriorada imagen de San Juan Bautista que ocupa la hornacina, así como la minuciosidad de la talla de los relieves y capiteles.