El claustro, de estilo mudéjar, organiza el resto de las dependencias conventuales en torno a él; presenta planta rectangular y en su parte baja se disponen cuatro galerías o pandas que cuentan con seis tramos abovedados- en crucería sencilla en ladrillo cuyas nervaduras se aproximan al medio punto- en sus dos lados largos y cinco tramos igualmente abovedados en los cortos.

Cada uno de los tramos abre al claustro a través de un amplio arco apuntado, separados por gruesos contrafuertes de sección rectangular, que apea en capiteles de piedra labrados con las armas del arzobispo don Lope y del rey de Aragón. Los muros del claustro, enlucidos, aún conservan restos de decoración mudéjar pintada, entre la que destaca el conjunto de una de las bóvedas en la que se representa el Tetramorfos alternando con las armas de Don Lope, sobre un fondo de estrellas y tracerías góticas.

En el ángulo próximo al refectorio, en el exterior del claustro, se han conservado restos de ménsulas que parecen indicar la presencia de un pequeño lavatorio.

El claustro alto ha sufrido sustanciales modificaciones, ya que se trata de una de las estructuras del convento que aún hoy se mantiene en uso. Abierto al claustro en vanos apuntados, ha conservado el sistema de cubrición de las galerías a base de alfarjes similares a los ya comentados en la iglesia conventual o capilla, y los soportes circulares de refuerzo decorados con pequeños capiteles vegetales, además de el antiguo dormitorio- actualmente dividido en dos plantas-, situado sobre la iglesia conventual, que presenta cubierta de madera apoyada en arcos diafragma apuntados y desde el cual se puede tener acceso a una de las torres medievales de la iglesia de San Nicolás de Bari, a través de un arco conopial y mixtilíneo, construido en yeso, y remarcado en alfiz.

El acceso al dormitorio cuenta con una portada de tradición medieval en arco conopial rebajado con sus ramas entrecruzadas formando lazos y motivos florales, plenamente relacionada con la portada al Palacio de Pedro IV de la Aljafería, además de decoración pintada gótica y elementos relacionados con la tradición renacentista como son un friso de angelotes y diversos motivos clásicos.

En la segunda planta, el acceso al dormitorio cuenta con una portada de tradición medieval en arco conopial rebajado con sus ramas entrecruzadas formando lazos y motivos florales, plenamente relacionada con la portada al Palacio de Pedro IV de la Aljafería.