El cuerpo de naves de la iglesia que conocemos en la actualidad se estructura en torno a una sola nave de cuatro tramos con capillas entre los contrafuertes, ábside pentagonal, coro a los pies y sacristía junto a un cuerpo que enlaza con la torre y que en tiempos albergó los antiguos aposentos del sacristán.

La edificación principal utiliza muros de sillería y mampostería, y cubre su espacio con bóveda de crucería estrellada de terceletes y combados, arrancando de una imposta que recorre todo el perímetro interior de la iglesia.

Al cuerpo de naves se abren varias capillas: la del Santísimo Misterio de Aniñón, realizada durante el siglo XVIII, y ubicada en el muro sur, frente a la entrada principal de la iglesia. Concebida como un espacio de planta de cruz latina, cubriendo su crucero con una cúpula sobre pechinas y tambor exterior, mientras que los brazos lo hacen con bóveda de cañón con lunetos. Para su construcción se utilizó el ladrillo sobre un zócalo de sillería. Interiormente presenta una nutrida decoración barroca a base de yeserías con motivos vegetales. La portada de acceso, con exuberante decoración, se eleva a gran altura llegando hasta las bóvedas de la nave.

La capilla de Nuestra Señora del Rosario data también de la misma época, habiendo sido concluida en 1754. La capilla se ubicó en el lugar en el que en origen se encontraba la entrada a la iglesia, y que posteriormente fue trasladada a la fachada sur.
Existe una construcción conocida como el "Relicario" adosada al ángulo suroeste de la iglesia. Su estructura se asemeja a la de un torreón, constituido por varias plantas que abren al exterior por medio de arquillos de medio punto.

La datación del hastial occidental presentó graves problemas por su adscripción estilística mudéjar, considerándose junto a la torre como los únicos restos de la anterior iglesia mudéjar; las transformaciones y ampliaciones llevadas a cabo durante el siglo XVI hacen más lógica la interpretación del hastial como obra de este período, realizado con un gusto arcaizante que pretendería mantener hacia la localidad el recuerdo del pasado mudéjar de la iglesia

El enorme hastial occidental está enteramente construido en ladrillo sobre un zócalo de sillería; estructuralmente presenta una división vertical en cuatro tramos separados por tres contrafuertes, y una división en fajas horizontales por medio de impostas de ladrillo aplantillado y una de modillones. La simplicidad decorativa que todo el hastial presenta respecto a la de la torre corrobora su adscripción a una época posterior, ya que casi se limita al tema de las esquinillas, distribuidas en bandas estrechas y dientes de sierra recorriendo sin interrupción toda la superficie. En La parte superior del hastial se abren seis falsos ventanales apuntados y tres óculos, cegados con piezas rectangulares cerámicas, combinando los colores blanco, verde, melado o marrón amarillento. La decoración se complementa con una faja de punta de flecha.