La torre mudéjar de la iglesia de San Andrés se levanta en el ángulo suroeste de la iglesia, y posee una estructura y decoración prácticamente idéntica a la de la Colegiata de Santa María, si bien con algunos matices, como la sustitución de los gruesos contrafuertes de los ángulos en Santa María por junquillos adosados a las aristas en San Andrés, o la mayor esbeltez de esta última debido a su menor proporción.
La torre cuenta con planta octogonal y tres cuerpos en altura. El inferior sirve como capilla bautismal, a la que se accede desde el interior, y sobre ella se elevan el segundo cuerpo con estructura de alminar almohade y el tercero, hueco interiormente para cumplir su función de cuerpo de campanas. Como rematada aparece un chapitel barroco.
El segundo cuerpo dividido en dos torres una dentro de otra, aunque la interior sólo sirve de apeo para las escaleras que se desarrollan entre ambas, cubiertas por el tradicional sistema de bóvedas por aproximación de hiladas; la torre interior está totalmente hueca, y se encuentra apoyada sobre una casamata bajo la que encontramos la capilla bautismal, y cubierta por bóveda de crucería. Este primer cuerpo abre al exterior mediante arcos de medio punto. El segundo cuerpo presenta vanos apuntados para iluminación de la rampa de escaleras, que, a diferencia de la torre de Santa María, se encuentran cerrados por celosías caladas, dotando a la torre de un aspecto más recogido.
Exteriormente viene decorada con los típicos motivos mudéjares realizados en ladrillo resaltado como, por ejemplo, esquinillas, cruces y rombos.

La torre mudéjar de la iglesia de San Andrés posee una estructura y decoración prácticamente idéntica a la de la Colegiata de Santa María de Calatayud.