Ábside mudéjar de planta semicircular, muestra la mitad inferior en piedra sillar mientras que el resto de la fábrica es de ladrillo. Las seis medias columnas adosadas a dicho ábside quedan transformadas en pilastras en el cambio de material.
Lo más significativo es la aparición de un tipo de vanos que ya no tendrá continuidad en el mudéjar aragonés. Se trata de vanos aspillerados, de escasa luz, que van doblados por un arco polilobulado de siete lóbulos, con claro referente en La Aljafería; localizándose en la parte central del ábside, y en el tramo recto del presbiterio.
En cuanto a la parte superior, toda ella de ladrillo, contiene un friso de arquillos prácticamente ciegos a excepción de unas pequeñas aberturas que en número de una y dos se van alternando en la serie de arcos que, al igual que el remate de cornisa volada apoyan sobre ménsulas.
El interior del ábside, en su parte inferior, está aligerado por arquillos ciegos apuntados sobre columnillas de capiteles de decoración vegetal muy geometrizada.
En el s. XIV se decoró el interior del ábside con pintura al fresco. Se representa a San Juan en el centro, mientras que a los lados se muestran diferentes escenas de su vida: el Santo ante Herodes, Prisión de San Juan, Decapitación y entrega de la cabeza del Bautista a Salomé. Sobre ellas, a modo de friso, La Santa Cena, y a los lados, unas escenas parecen representar escenas de la Pasión. La parte inferior de estas pinturas arrancada en 1965, se trasladó al Ayuntamiento de la villa.

En la parte central del ábside, y en el tramo recto del presbiterio localizamos un tipo de vanos que ya no tendrá continuidad en el mudéjar aragonés. Se trata de vanos aspillerados, de escasa luz, que van doblados por un arco polilobulado de siete lóbulos, con claro referente en La Aljafería.