Rodeado por un recinto construido en piedra seca, es un voluminoso templo de una nave, con capillas laterales ligeramente salientes al exterior y cabecera recta. La torre está adosada al último tramo de la nave, por el lado del Evangelio. Asimismo, tiene una sacristía de planta rectangular y grandes dimensiones adosada a la cabecera por el mismo lado.

Se trata de  un edificio muy austero y cerrado, carente de cualquier tipo de decoración exterior. Únicamente destacan en el macizo volumen del edificio los tres contrafuertes de perfil ataludado que en cada uno de los lados refuerzan el saliente de las capillas laterales.

La puerta se encuentra en el hastial. Es un vano en arco de medio punto, con el intradós recorrido por un doble moldura que se prolonga a lo largo de las jambas de cantería, apoyadas sobre sendos sillares en cuyos frentes se han tallado varias bandas en resalte. Sobre la puerta se abre una ventana enmarcada por piezas monolíticas cuyo dintel ha sido tallado en ligera curva por la parte inferior para simular un arco.

Entre la puerta y la ventana hay inserta una placa de piedra que testimonia la pertenencia de la parroquial de Badaguás al monasterio de San Juan de la Peña, como sucedía en numerosos pueblos de la zona. Presenta un relieve con un cordero (Agnus Dei) portando un lábaro, con una corona sobre él. En la base de la placa, la inscripción “DE SAN JUAN DE LA E…”.

El interior de la iglesia consta de una nave de tres tramos, presbiterio y capilla mayor, en la actualidad cubiertos con cielorraso, que sustituyó a mediados del siglo XX a la bóveda de lunetos original. En los dos primeros tramos de la nave se abren sendas capillas de exiguo fondo.

La torre tiene planta cuadrangular y consta de tres cuerpos, separados por impostas. Los dos inferiores presentan escasos vanos, aspillerados en su mayor parte. Los huecos para campanas, dos ventanas gemelas cerradas por arquillos de medio punto, se abren en el lienzo oeste del cuerpo superior; los restantes lienzos de este cuerpo presentan vanos adintelados de distintos tamaños.