Se trata de un conjunto arquitectónico conformado por dos partes fundamentales: iglesia y claustro. Ambas han sufrido una compleja evolución arquitectónico desde la época de su construcción y reúnen todos los estilos artísticos que históricamente se han desarrollado en la localidad de Borja.
El claustro se construyó adosado al muro sur de la iglesia con una ligera desviación respecto al eje de ésta.

Iglesia de nave única de cinco tramos cubierta con bóveda de cañón con lunetos, grandes capillas laterales abiertas entre sus contrafuertes, coro bajo en los pies y cabecera poligonal con varias dependencias anejas, entre las que sobresale la sacristía, además de una cripta subterránea.
La cabecera se cierra con bóveda de cañón con lunetos sobre arcos fajones, que apean en una cornisa, los cuales se prolongan en los muros mediante pilastras acanaladas.

Las capillas, que abren a la nave mediante embocaduras de medio punto, se cerraron en su mayoría con cúpula semiesférica con linterna excepto las capillas de menores dimensiones que se cubrieron con bóveda de lunetos en sentido transversal a la de la nave. Toda la decoración interior, fruto de la profunda reforma sufrida tras el incendio del año 1775, es del siglo XIX, y sigue el concepto clasicista francés por influencia del Pilar de Zaragoza.

Al exterior presenta una fábrica construida totalmente en ladrillo. La cabecera poligonal y la nave reforzada con contrafuertes se encuentran rodeadas y casi enmascaradas por las capillas adosadas entre los contrafuertes, el pórtico que protege el acceso y el claustro; en los paramentos exteriores de los tramos segundo, tercero y cuarto se practicaron unos grandes arcos de descarga; el aspecto fortificado de la construcción llama poderosamente la atención, sobre las capillas abiertas entre los contrafuertes se dotó a la iglesia de dos adarves ceñidos al muro a la altura del tercer y cuarto tramo: se trata de dos módulos uno de ellos abierto mediante cuatro arcos apuntados peraltados y el otro mediante tres.
Destacan especialmente los restos de decoración de carácter mudéjar: en el ábside y en los muros laterales del primer y segundo tramo se conserva una abundante decoración a base tracerías geométricas, ménsulas de ladrillo en voladizo y frisos de esquinillas.

La portada de acceso, de factura muy sencilla en arco de medio punto de ladrillo, se encuentra protegida por un pórtico de planta octogonal abierto al norte y al oeste.

La torre norte se encuentra adosada al muro norte de la nave, se construyó en ladrillo; consta de cuatro cuerpos de parámetros lisos tan solo diferenciados por las cornisas de separación en hilada de esquinillas sobre la cual se dispuso una fila de ménsulas de ladrillo en voladizo. El cuerpo superior presenta cuatro arcos cegados, sobre éste se dispuso un nuevo cuerpo abierto en arco carpanel que aloja las campanas.

El cuerpo de remate se separó del resto de la torre mediante hiladas de ladrillo a soga en vuelo sucesivo con machones en las esquinas; los huecos son adintelados al exterior mientras al interior abren con arco escarzano. Remata con chapitel de zinc.

Torre meridional, conocida como Torre del Reloj. Se trata del único vestigio de la antigua iglesia románica, conocido por el esvíaje de su planta respecto a la nave y el claustro de la iglesia, y por la utilización de otro tipo de sillares.

Situada adosada al muro sur de la nave y con una orientación diferente a la iglesia gótica. Consta de cuatro cuerpos: un cuerpo bajo en sillería, único resto románico; sobre éste se dispusieron tres cuerpos de ladrillo separados por cornisas de canes de los cuales el primero es ciego; el segundo, ajustado por el interior al machón central, se estructuró en dos pisos separados por una hilada de esquinillas articulados el primero mediante dos arcos apuntados inscritos en un gran arco ojival y el segundo por medio de dos huecos apuntados en un lado y el resto con cuatro; y el tercero compuesto por dos pisos separados por dos filas de esquinillas.

Es precisamente la superposición de estilos uno de los hechos más destacados en este conjunto, que se empezó a construir en el siglo XII en estilo románico, se continuó en gótico y mudéjar (apreciable en la Torre del Reloj, la traza del claustro o la decoración del ábside) y se reformó totalmente en época barroca, tras el incendio de 1775, en un estilo clasicista francés de estela pilarista, como se deduce de su decoración interior a base de yeserías y pinturas murales y del atrio de acceso desde el exterior por el lado norte.