La capilla con techumbre mudéjar se ubica en el torreón de la muralla situado en el ángulo nororiental, que al interior presenta planta hexagonal. La torre se encuentra articulada al interior en dos plantas, la superior hace de capilla y fue cerrada con techumbre de madera; mientras el piso inferior hacía las veces de cripta cubriéndose con bóveda de crucería en cuya clave se encuentra el escudo del arzobispo don Lope Fernández de Luna y con los nervios apoyados en ménsulas.
La capilla fue ampliada durante el siglo XVII con la incorporación de una nave de tres tramos rectangulares cubierta por bóveda de cañón con lunetos que posteriormente, en 1720, sería decorada al gusto barroco clasicista.
A los pies se ubicó un coro elevado sobre la puerta de entrada a modo de pórtico sobre dos pilares de sillería, siendo éste de ladrillo.
El tejado es a dos aguas con aleros de ladrillo en esquinillas o dientes de sierra, formando doble friso en los lados mayores y sencillo en el hastial.


La techumbre constituye una obra de factura mudéjar de características espectaculares. A modo de armadura de base hexagonal de limas moamares que forman en el almizate un lazo de doce. Presenta todas las tablas decoradas con figuras de ángeles que llevan candeleros con velas encendidas que desde el punto de vista estilístico muestran la influencia italogótica en la pintura aragonesa de la segunda mitad del s. XIV en ese momento en que se está conformando una escuela aragonesa de pintura gótica internacional. Según Gonzalo Borrás Gualís la estancia pudo constituir una capilla funeraria teniendo la techumbre el significado de paraiso cristiano y de Jerusalén celestial.
Bajo la bóveda de la nave se coloca un entablamento compuesto por arquitrabe, friso con motivos vegetales y cornisa decorada con tacos en relieve. Bajo los arcos fajones se disponen pilastras con capiteles corintios. La iluminación se realiza a través de óculos moldurados.
La cabecera se encuentra rasgada por un arco de medio punto que da acceso a la antigua capilla del castillo, a la derecha de la cual se abre otra pequeña capilla de planta trapezoidal que comunica con la nave a través de un arco de medio punto. La sacristía, de planta triangular, carece de interés.
Sin embargo, debe destacarse el trabajo de yeserías mudéjares, cuya decoración se extiende a lunetos, arcos fajones y jambas e intradoses de los arcos.