Al parecer existió un puente en ese punto, emplazado en el curso de una vía romana de poca importancia, desde la Antigüedad, si bien la construcción que ha llegado hasta nosotros es de época posterior.

La primera referencia documentada, un permiso real concedido al monasterio de San Juan de la Peña que menciona un “puente de Anzánigo”, data de 1304. Sin embargo, los paramentos del puente muestran muy diversas facturas, debido a sucesivas reparaciones y reconstrucciones de partes destruidas por avenidas del río, lo que ha hecho suponer que es poco lo que se conserva de la fábrica original. Adolfo Castán apenas reconoce vestigios de la posible obra medieval en algunos puntos muy concretos del puente, como el estribo derecho y tres de las pilas.

Este autor considera que, por sus características, el puente debió de ser rehecho y recrecido en épocas posteriores, fechando las principales reformas que darán origen a la obra actual en el siglo XVI y la segunda mitad del XVIII, a tenor de las características de la obra conservada.

Asimismo, el arco central se hundió en dos ocasiones en el siglo XX, concretamente en 1913 y en 1925, siendo reconstruido con posterioridad.

Hasta principios del siglo XX se cobró el tributo del pontazgo a todos los viajeros que atravesaban el puente.