Los restos del castillo de Benabarre son el resultado de la superposición de al menos cuatro sistemas defensivos, complementados con dos iglesias. A esdtas construcciones se deben añadir los usos constatados campanario, cementerio, zona de huertos, albergue para pobres y cantera. El exhaustivo estudio arqueológico y arquitectónico que ha acompañado a la restauración ha permitido deslindar las sucesivas fases histórico-constructivas del conjunto:

1. Finales del siglo X a finales del siglo XIII.

Las primeras referencias documentales a Benabarre, datadas en el siglo X, la identifican como una importante población musulmana, cuya conquista por las las tropas cristianas de Ramiro I de Aragón (1062) debió de ser muy costosa.

De inmediato este rey mandó edificar un castillo, del que apenas se conservan un fragmento de muro y los restos de una torre sobre una plataforma rocosa en el interior del actual recinto.

En un nivel inferior, a finales del siglo XI, se construyó una iglesia románica de tres naves, a la que se le añadieron por el lado norte en las primeras décadas del siglo siguiente una serie de dependencias destinadas a la comunidad que atendía el conjunto.

2. Siglos XIV-XV.

A mediados del siglo XIV don Pedro de Aragón, conde de Ribagorza, ordena construir un nuevo templo gótico de mayores dimensiones sobre la iglesia románica; las obras en el interior de la iglesia continuaron durante el siglo XV. La torre campanario que ya existía a los pies de la iglesia fue ensanchada y recrecida.

Durante el último cuarto del siglo XIV el conjunto amurallado también fue objeto de reparaciones y ampliaciones.

3. Siglos XVI-XVIII.

Poco antes de la guerra de Secesión de Cataluña (1640-1656), el castillo es reconstruido y adaptado a las técnicas defensivas frente a la artillería: muros más bajos, gruesos y en talud, con un trazado quebrado que permite la construcción de bastiones avanzados.

Fue de nuevo reparado después de que en 1714 finalizara la guerra de Sucesión, durante la que fue sitiado y tomado en varias ocasiones.

4. La época contemporánea, hasta la guerra civil de 1936-1939.

Las novedades en las tácticas bélicas de los conflictos del siglo XIX conllevan la adaptación de las fortificaciones del castillo a las características defensivas de los fuertes fusileros: los muros se recrecen y adelgazan, siendo coronados por hileras de aspilleras para fusilería; se construyen puertas en codo y garitones sobre los baluartes; los grandes espacios se compartimentan. Asimismo, en esta época los restos de la iglesia gótica, ya parcialmente desmantelada, fueron adaptados como pabellón militar y estructurados en dos pisos.