La ermita de San Fertús es un edificio de planta rectangular y nave única con cabecera recta orientada hacia el este y portada de acceso abierta en el muro oeste.

Todo el edificio está construido con buena sillería en la que se advierten diversos momentos constructivos. El muro con orientación sur está semiderruido y varios sillares se acumulan en el entorno próximo. En la pared meridional, en la parte correspondiente al presbiterio, se conservan un par de los canecillos esculpidos a base de rollos que sustentaron la cornisa del templo, en la actualidad desaparecida.

La cabecera, orientada al este, presenta un pequeño ventanal, aspillerado al exterior y que al interior es de medio punto monolítico en derrame.

La puerta de entrada se abre en el muro oeste bajo arco de medio punto dovelado enmarcado por una moldura o guardapolvo que arranca sobre imposta. Habría otro acceso en el muro sur, en la actualidad perdido, que probablemente sería el original. En la pared norte hay un sillar de grandes dimensiones con un pequeño orificio que podría tratarse de un sepulcro reutilizado.

En el interior se mantienen en pie tres arcos apuntados formados por dovelas de piedra que arrancan directamente del suelo y que dividen la nave en cuatro tramos. Estos arcos sostendrían una techumbre de madera, en la actualidad desaparecida.