Edificio de planta de cruz latina,con cabecera recta, flanqueada a ambos lados por la sacristía y la sala capitular. Posee una nave central y dos laterales,divididas en cinco tramos. La torre del planta cuadrangular y el claustro aparecen adosados en el lado del evangelio. Desde la sacristía puede accederse a la cripta que se halla bajo ella.

1. CABECERA

La cabecera de la iglesia, recta, está orientada al oeste. Posiblemente en su día estaría cubierta por bóveda de lunetos. Tras la reciente restauración se cubre con tejado de madera.

En la pared desnuda que antiguamente albergaría el retablo mayor, se conserva un vano donde iría colocado el sagrario.

Flanqueando el presbiterio se abren la sacristía (lado del evangelio), con cripta a modo de panteón, y la sala capitular (lado de la epístola).

Las puertas que dan acceso a estas estancias son de estilo neoclásico, con dintel, metopas, friso y templete.

Sobre la de la epístola aparece la figura en piedra de la reina Isabel de Farnesio sobre pechina con su nombre grabado. Sobre la puerta del lado del evangelio se ubicaba la estatua correspondiente a Felipe V, que junto a su mujer, aparecen así honrados como promotores de la construcción de esta iglesia. Ahora, la estatua del rey reposa en el suelo, dado su delicado estado de conservación.

Sacristía: Estancia de planta rectangular adosada al muro sur de la cabecera. Desde ella se accede a un pequeño cuarto, que al parecer cumplió con la función de capilla, ubicado detrás de altar mayor. Desde allí, una escalera permitiría el acceso a la parte posterior del mismo.

La sacristía poseía una cubierta abovedada, hoy desaparecida, y tal vez albergara una estancia sobre ella. En una de sus paredes se conservan los restos de un lavabo intramural. Las paredes se conservan encaladas.

Desde la sacristía nacen las escaleras que descienden hasta la cripta.

Cripta: Excavada bajo la sacristía conserva, sellados, los nichos para los enterramientos.

Sala Capitular: Amplia sala de planta rectangular que en su día, alojaría las reuniones periódicas del abad y los monjes para recordar las escrituras de la regla benedictina y tratar los asuntos concernientes al monasterio, a sus posesiones y a sus habitantes.

En la actualidad se cubre con cubierta de madera colocada en la última restauración y las paredes se conservan encaladas.

En su muro norte se abre una gran ventana adintelada al exterior. En el paramento sur, sin embargo, se abre la puerta que da acceso al cuarto del archivo.

Cuarto del archivo: Con planta rectangular, se ubica detrás del altar mayor.

2. NAVE CENTRAL Y LATERALES

Se compone de tres naves rectangulares divididas en cinco tramos.

La nave central, más alta que las demás, se cubría con bóveda encamonada de lunetos, y las laterales, con bóveda de cañón apuntado.

En la actualidad, se cubren con tejado de madera, aunque se conservan los arcos fajones  y formeros, todos ellos, de medio punto. Los fajones, de ladrillo, y los formeros, encalados y con parte de la hornamentación original en yeso consistente en hojas carnosas y cardinas con tornapuntas y otros motivos vegetales, en los enmarques de los arcos de la nave central, que también se repiten en las pechinas y en el presbiterio.

Primer tramo de las naves: el crucero

 El primer tramo de las naves central y laterales  conforman el crucero, de mayor altura que el resto de los tramos. Estaba rematado con una gran cúpula sobre  pechinas en las que se distinguen altorrelieves con los padres de la Iglesia, con un tambor con pequeñas ventanas, al exterior octagonal. La desaparecida cúpula ha sido sustituida en el proceso de restauración por una cubierta octogonal de madera.

En el brazo norte del crucero se conserva un sarcófago de piedra, en el que los últimos años a la intemperie han hecho mella, borrando parcialmente la inscripción pintada que todavía se conservaba hasta mediados del siglo XX y que decía

"D.O.M.

INNICO ARISTAE:GUNDISALVO

SANCII:

SUISQUE SUCCESSORIBUS ARAGONIAE

SUPRARBIAE ATQUE RIPACURTIAE REGIBUS

SUB HIS MAUSOLEIS

CONSEPULTIS

HOC GRATITUDINIS MONUMENTUM

REGALE S.VICTORIANI COENOBIUM

POSTERITATE COMENDAVIT."

La tradición defiende que en este mausoleo se hallan los restos de Iñigo Arista y Gonzalo, legendarios reyes de Sobrarbe.

En dos vanos del muro sur del crucero hay labrada por el exterior la fecha de 1734 y en la ventana de la sacristía otra de 1736.

En el brazo sur del crucero se abre una puerta adintelada y moldurada que comunica con la crujía oriental del claustro.

Segundo y tercer tramo de las naves:

La nave central se cubría con bóveda encamonada de lunetos, derruida, y sustituida en la última restauración por cubierta de madera, conservando los arcos fajones de medio punto, de ladrillo.

En el segundo tramo de la nave central se ubicó, hasta mediados del siglo XX, el coro bajo cuya sillería en madera labrada fue trasladada a la iglesia parroquial de Boltaña.

Las naves laterales se cubren con bóveda de cañón apuntada.

En cada una de los tramos de las naves laterales se abre una capilla poco profunda, en arco de medio punto.

Cuarto tramo de las naves:

Presenta características similares al tramo anterior en lo relacionado con la estructura y las cubiertas, pero con la particularidad de que en la nave sur se abre la puerta de la iglesia al exterior. 

Se trata de una puerta en arco de medio punto, labrada con dos pilastras y frontón mixtilíneo rematado en tres pináculos con bolas, y en el tímpano escudo real con corona y toisón, pertenenciente a los monarcas Felipe V e Isabel de Farnesio.

 Quinto tramo de las naves:

Presenta características similares a los tramos anteriores, con sendas capillas de pequeñas dimensiones adosadas en ambas naves.

En el muro este, que cierra los pies de la nave central, se abre un gran óculo que posibilita una magnífica iluminación de la nave con la entrada de los primeros rayos de sol de la mañana.

3. TORRE

 Adosada en el costado sur de la iglesia, junto al crucero, y adosada al costado este del claustro, se erige sobre planta cuadrangular, con dos cuerpos separados por imposta y remate con pequeño chapitel octogonal con petril y gárgolas en esquinas.

4. CLAUSTRO

De planta rectangular y de dos pisos de altura, está formado por tres crujías o galerías de arcos de medio punto cubiertas por bóveda de cañón y arcos apuntados en los ángulos de dichas crujías.

Se ubica adosado al costado sur de la cabecera de la iglesia, en concreto, de la sacristía. Su lado septentrional desapareció con la construcción de la iglesia.

Sobre el dintel de una puerta de la crujía oriental se conserva un pequeño relieve románico (s.XII), posiblemente un pantocrator, bastante deteriorado, que representa una figura sagrada con un libro en la mano izquierda, sentada en una silla de tijera y enmarcada en una mandorla. José Luis Aramendía lo describe como "un Pantocrator enmarcado en iris místico sentado sobre el círculo del universo, cuya cara ha sido bárbaramente machacada".

5. RESTOS ARQUEOLÓGICOS

Hasta el momento se han encontrado restos procedentes de diferentes momentos históricos.

En concreto se está estudiando los restos de un antiguo templo de posible origen paleocristiano que se encuentra bajo el primer, segundo, tercero y cuarto tramo de la nave central.

Además, también se están estudiando los restos de un posible templo perrománico que han aparecido sobre el segundo tramo de la nave central y sobre el tercer, cuarto y quinto tramo de la nave lateral de la epístola y sobre el quinto tramo de la nave del evangelio.

Junto a la actual torre han aparecido restos de una torre anterior.

Levantada en el siglo XVIII según los cánones de la arquitectura clasicista, su decoración es todavía barroca.

Las últimas investigaciones arqueológicas parecen apuntar hacia la hipótesis de una temprana ocupación de este espacio como lugar de culto, con la aparicion de restos de un templo de posible cronología paleocristiana (s. VI) y otro de estilo prerrománico.