La iglesia presenta cabecera recta y tres naves de la misma altura, separadas por cuatro columnas exentas y ocho adosadas y cubiertas por una techumbre de madera con bovedillas de revoltón.

A los pies, en el lado del Evangelio se sitúa un coro alto, mientras que en el lado de la Epístola se abre una puerta que comunicaba antiguamente con el palacio y el hospital, hoy desaparecidos.

Al exterior, destaca la portada renacentista, abierta en arco de medio punto sobre pilastras dóricas, que sostienen un entablamento recorrido en su parte superior por una cornisa que enmarca la escultura del santo titular. Tanto el arco como las pilastras aparecen decorados con puntas de diamante y el conjunto se remata con tres escudos de la familia del prelado.

Por otro lado, al interior llama la atención la pintura mural que decora los muros, columnas y la techumbre. Es una decoración pictórica realizada a finales del siglo XVI, en estilo manierista centroitaliano y siguiendo un complejo programa iconográfico de simbolismo funerario en clave humanista, que da lugar a un conjunto único en Aragón.