Hasta 1809 el Reino de Aragón guardaba sus propios fondos documentales, diferenciados de los de la Corona de Aragón, en el edificio de la Real Audiencia ubicado en el Palacio Arzobispal. Este lugar fue destruido e incendiado durante los Sitios de Zaragoz, lo que supuso la pérdida de numerosos documentos y motivó el interés general por recomponerlo de nuevo.

Tras la Desamortización del siglo XIX, la salvación de valiosos fondos monacales, archivos privados, así como la donación de archivos municipales y la copia de fondos aragoneses configura de nuevo una interesante colección, que a causa de problemas especialmente políticos se incorporan a las colecciones nacionales.

Será a partir del Real Decreto de 1947 cuando se disponga la creación de los Archivos Históricos Provinciales y se deposite en ellos los protocolos notariales de más de cien años de antigüedad, la documentación histórica de las Audiencias y Juzgados, de las Delegaciones de Hacienda y otras dependencias provinciales.En septiembre de 1948, solicitado por el doctor Ángel Canellas, se crea el Archivo Histórico Provincial de Zaragoza, que será instalado después de numerosos problemas en el edificio del Colegio de Notarios, antiguo palacio de Sobradiel,; aunque diponiendo de espacio muy escaso y en condiciones muy precarias.

Estas circunstancias fueron el detonante de que comenzasen las negociaciones con la Caja de Ahorros y Monte de Piedad de Zaragoza para la restauración y cesión del edificio del palacio de Huarte, sito en la calle Diego Dormer, propiedad de la entidad financiera. Será el 27 de febrero de 1980 cuando los fondos del archivo pasen a ocupar el lugar actual.

La colección se divide en dos grandes grupos de fondos: los de carácter público, generados a lo largo del tiempo por las distintas administraciones públicas, y los de carácter privado, reunidos por las personas físicas o jurídicas en el desarrollo de sus actividades. Los fondos documentales alojados en el palacio de Huarte tienen una cronología que va desde el siglo X hasta finales del siglo XX.