Situada al norte del claustro, se trataba de un templo monumental de acuerdo a una planta de tres naves, la central ligeramente la ancha y de mayor altura que las laterales, provista de crucero que remata en los extremos en capillas de testero recto, mientras la nave central da paso al presbiterio que cierra en ábside semicircular. Se cubrió en su totalidad con bóvedas de crucería que apeaban en pilares cruciformes. Se conservan parte de las bóvedas del crucero y los ábsides, no así las de la nave. La iglesia fue reformada en época barroca.

Al exterior tan solo se conserva la zona de la cabecera y la fachada principal que abre al gran patio del palacio abacial. En la cabecera destaca especialmente el ábside de planta semicircular articulado mediante la apertura de vanos de medio punto entre potentes contrafuertes y un gran rosetón en la parte superior del paño central; así como la capilla barroca determinada por la acusada verticalidad de la linterna de iluminación. La fachada principal todavía conserva la portada medieval del siglo XIII; formada por cinco arquivoltas apuntadas molduradas y decoradas con zigzag, que encierran un tímpano apuntado actualmente vacío. Las arquivoltas apean en cinco columnillas adosadas a las jambas decoradas con puntas de diamante, con capiteles muy sencillos con motivos esculpidos a base de hojas de acanto. En la reforma del siglo XVI se colocaron dos estatuas de bulto casi redondo que representan a los reyes Alfonso II y Jaime I, los grandes protectores del monasterio.

La torre, de planta cuadrada, consta de tres cuerpos el inferior está embutido en la estancia que originalmente correspondería a la sacristía. Los dos cuerpos superiores presentan en las esquinas columnas cilíndricas adosadas que enmarcan paramentos articulados en el cuerpo medio por medio de arcos ciegos de medio punto en rehundido y en el cuerpo superior ventanas en arco de medio punto flanqueados por listas de esquinillas de estilo barroco mudéjar. Remata con tejado a cuatro aguas de teja.

El aspecto actual del templo es resultado de una reforma llevada a cabo durante la época barroca durante la cual se forraron los pilares de piedra formando apoyos de planta cuadrada, además se llevó a cabo un enlucido general aplicando molduras y variadas decoraciones de estilo churrigeresco. En ese momento además se añadió una capilla al lado norte del crucero de planta cuadrada cubierta con cúpula sobre pechinas abierta con linterna, se levantó la torre en el extremo nordeste de la fachada, y se construyó un atrio actualmente no conservado.