El conjunto se encuentra en el extremo este de Jaca, junto a una de sus antiguas puertas de acceso, en un enclave que se ha relacionado con el núcleo más antiguo de la ciudad, donde tradicionalmente se ha ubicado el palacio-fortaleza de los primeros reyes aragoneses y donde se conserva el mayor tramo de la muralla medieval.

El monasterio de Santa Cruz está conformado por una serie de edificaciones con distintas funcionalidades y accesos.

La denominada plazuela de las Monjas actúa como elemento urbano organizador, en torno al que se disponen los principales edificios del conjunto. En su lado este se encuentra la iglesia, con su cripta subterránea, y torre; al sur el claustro, con las dependencias propiamente dedicadas a la vida monástica, y al oeste el edificio que se ha destinado a usos de hospedería, residencia al que se añadió un centro escolar. Finalmente, al norte, se abre la plaza a la calle Mayor de Jaca. Otros elementos a considerar son; la huerta, al sur del claustro, y la muralla de la ciudad, que cierra al este el claustro y la huerta.

Iglesia de San Ginés

La antigua iglesia románica experimentó una primera trasformación a finales del siglo XVI, para adaptarse a las necesidades de sus nuevas propietarias, y otra, mucho más intensa, entre 1730 y 1745. Consta de una única nave, de cuatro tramos, con amplio presbiterio y ábside semicircular. A ambos lados de la nave se disponen cuatro capillas de poca profundidad. La cubierta es de bóvedas de lunetos, salvo en el ábside que es de horno. Dispone de tres accesos: puerta a los pies, para entrada de los fieles laicos desde la plazuela de la Mojas, y dos puertas, en las capillas primera y segunda del lado de la epístola, contando desde el presbiterio, para el acceso de la comunidad religiosa, desde la zona claustral a través de la dependencia denominada signo.

La austera decoración arquitectónica se limita a una moldura en el arranque de los arcos de medio punto de las capillas laterales, pilastras de orden corintio y el entablamento que discurre sobre ellas. La iluminación se efectúa mediante ventanales de medio punto situados por encima de las capillas, en el muro norte, a ambos lados del presbiterio y un pequeño óculo a los pies.  Por fotografías antiguas, sabemos de la existencia de un coro alto a los pies, donde se encontraba la sillería que ahora ocupa el presbiterio, y que las paredes estaban decoradas con pinturas que imitaban mármoles en las pilastras y entablamentos.

 En el lado sur de la cabecera se levanta una torre de planta cuadrada. Exteriormente se distinguen cuatro tramos, separados por impostas. El superior es el cuerpo de campanas, con dos arcos de medio punto por lado. La cubierta es de pizarra a cuatro aguas terminada en bola y veleta. Construida con mampostería, salvo el último tercio del cuerpo de campanas que es de ladrillo. Conserva dos campanas en su lado oeste. El interior está muy transformado, contando con una escalera de obra que asciende hasta el cuerpo de campanas. Se accede a la torre desde la tercera planta del lado norte del claustro.

Exteriormente la iglesia está construida en sillarejo, con sillares en las esquinas. La portada es muy simple, con arco de medio punto doblado que sobresale de la fachada con un moderno tejadillo, e imposta. El alero es de ladrillo con doble hilada en esquinilla. Volumétricamente se distingue la mayor altura de la nave sobre las capillas laterales y el ábside así como los contrafuertes que sustentan los arcos fajones de la cubierta.

Cripta o iglesia de San Salvador

Bajo la iglesia se encuentra la cripta denominada iglesia de San Salvador, también conocida como Sancta María baxo tierra, antigua iglesia del Concejo de la ciudad. Es una construcción de origen románico, ejecutada en piedra sillar, alargada, con dos tramos definidos por un ligero ensanchamiento y elevación en el más alejado de la cabecera, lo que nos induce a pensar en dos fases constructivas o dos funcionalidades distintas. Se cubre con bóveda de cañón. Actualmente la cabecera es semicircular, coincidiendo con el muro del ábside de la iglesia superior. 

Los muros de la cripta se decoraron en la segunda mitad del siglo XIII con pinturas murales que fueron arrancadas por Ramón Gudiol, en 1965, y que se exponen actualmente en la misma sala que el sarcófago de Doña Sancha, en la planta baja del edificio de residencia-hospedería. Según los estudios de Gonzalo Borrás Gualis y Manuel García Guatas, las pinturas representa un Cristo en majestad, dos grupos de apóstoles, Anunciación y Visitación, Nacimiento y Adoración de los pastores, Epifanía y Presentación en el Templo.

Claustro

El claustro tiene planta de polígono irregular, al adaptarse al lienzo de la muralla. Se accede a él desde la plazuela de las Monjas, por una puerta de piedra caliza con amplio arco de medio punto.  Originariamente constaba de planta baja y primera. En la segunda mitad del siglo XX se han añadido nuevas plantas en altura y modificado los vanos de la planta primera. La planta baja consta de un patio abierto ajardinado, con arcos de medio punto sustentados en pilares con imposta y basa, labrados en piedra caliza, que apoyan sobre un pretil continuo, salvo en las cuatro entradas al jardín. Se cubre con vigas de madera y su suelo es de losa de piedra. 

En esta planta baja se disponen diversas dependencias, con puertas tanto adinteladas como de arco de medio punto con claves y jambas de piedra. En la panda norte, la entrada principal, locutorios, mayordomía, sacristía, signo y acceso a la bajada hacia la cripta. En la panda este hay una capilla, sala sexta y nona, y oficio. En la panda sur cocina, refectorio, despensa, y taller de encuadernación. En la panda oeste está la escalera noble que permite el paso a la planta superior y conecta con la hospedería/residencia.

La planta primera está muy modificada. Se ilumina con numerosos ventanales de medio punto, que dan al patio central, cerrados con carpintería moderna de madera y vidrio. La panda norte comunica con un comedor y oficio. La panda este con las habitaciones del noviciado. La panda sur con habitaciones de las monjas. La panda oeste con una sala denominada del Pilar.

Residencia y colegio

Por último, la edificación situada al oeste de la plazuela de las Monjas, salvo la portada, en cuya clave se encuentra esculpido el escudo del monasterio, es de reciente ejecución. En 1961 se demolió la antigua hospedería, iniciándose al año siguiente las obras de construcción de un complejo de edificaciones en torno a un patio central que se destinaron a usos de residencia y colegio. Tiene tres alturas más planta sótano.

En la planta baja hay una sala en la que se exponen, desde 2013, las pinturas murales del siglo XIII arrancadas de la cripta de la iglesia, el sarcófago de Doña Sancha y la lápida, con escudo e inscripción conmemorativa, de su traslado en 1622 desde Santa Cruz de la Serós hasta Jaca.