Como norma general, se conserva la documentación generada a partir de las correspondientes transferencias a la Comunidad Autónoma de Aragón. En algunos casos se conservan series desde la época anterior a la preautonomía por ser expedientes iniciados con anterioridad por la Administración del Estado pero resueltos por la Administración autonómica o bien por tener una vigencia administrativa muy prolongada, así ocurre con los Expedientes Instalaciones Alta Tensión, Registro Industrial, Registro y Protectorado de Fundaciones o Expedientes de Personal, entre otras.

La documentación producida por los departamentos del Gobierno de Aragón es consecuencia de las funciones que se estructuran de acuerdo a la siguiente organización:

- Departamento de Presidencia y Relaciones Institucionales: Documentación muy heterogénea generada por la Administración aragonesa de carácter eminentemente jurídico-administrativo. Asume las competencias en materia de Administración de Justicia, el asesoramiento jurídico y representación y defensa en juicio de la Diputación General de Aragón, de los departamentos que la componen y de sus organismos públicos. También sobre régimen local, asociaciones, fundaciones, colegios profesionales, espectáculos públicos, casinos, juegos y apuestas; la coordinación de las relaciones del Gobierno de Aragón con otras instituciones y Administraciones. Y las competencias de la Comunidad Autónoma de Aragón en materia de radiodifusión sonora, televisión y telecomunicaciones por cable.

- Departamento de Industria, Competitividad y Desarrollo Empresarial: Competencias en materia de industria, así como aquellas derivadas de la promoción industrial y de apoyo a la pequeña y mediana empresa, propiedad y seguridad industrial, metrología y metales preciosos, energía, minas; la regulación de la actividad comercial en Aragón, la promoción y fomento de la artesanía; además de las atribuidas en materia de turismo.

- Departamento de Ciencia, Universidad y Sociedad del Conocimiento: Todo lo relacionado con investigación, desarrollo e innovación científica y tecnológica, docencia universitaria y administración electrónica.

- Departamento de Economía, Planificación y Empleo: Competencias en materia de planificación de la actividad económica y fomento del desarrollo; cooperativas y entidades asimilables, con domicilio en Aragón, fomento del movimiento cooperativo y de otras modalidades de economía social; promoción de la competencia, así como en materia de Cajas de Ahorros e instituciones de crédito cooperativo público y territorial, en el marco de la ordenación general de la economía; y de estadística para los fines de la Comunidad Autónoma. Dentro de las competencias compartidas, le corresponde el desarrollo legislativo y ejecución de la legislación básica en materia de ordenación del crédito, banca, seguros, mutualidades de previsión social, entidades gestoras de planes y fondos de pensiones y otras mutualidades no integradas en el sistema de Seguridad Social. Asimismo, le corresponden las competencias ejecutivas en materia de trabajo y relaciones laborales, así como en materia de defensa de la competencia en el ámbito autonómico.

- Departamento de Vertebración del Territorio, Movilidad y Vivienda: Documentación sobre la gestión de las carreteras y transportes competencia de la Comunidad Autónoma. Series relacionadas con las competencias urbanísticas, vivienda, la mejora de la calidad de la edificación; planificación y ejecución de programas de rehabilitación y de recuperación del patrimonio de interés arquitectónico; la revitalización de cascos históricos y áreas de rehabilitación preferente. Competencias en materia de política territorial.

- Departamento de Hacienda y Administración Pública: Además de la documentación económica propia de la Intervención y la Tesorería, este departamento se ocupa de la contratación, patrimonio y organización de la institución. La selección del personal derivada de la oferta anual de empleo público, y la programación y realización de las actividades y cursos de formación del personal al servicio de la Administración de la Comunidad Autónoma de Aragón. La dirección sobre los programas que afecten a la ordenación, renovación y modernización de la Administración de la Comunidad Autónoma de Aragón.

- Departamento de Educación, Cultura y Deporte: Series relacionadas con las funciones que tiene el Gobierno de Aragón en materia de enseñanza no universitaria, patrimonio cultural, acción cultural, política lingüística y deporte.

- Departamento de Ciudadanía y Derechos Sociales: Documentación que refleja las directrices del Gobierno sobre la política de Servicios Sociales, Juventud, Familia y de igualdad entre hombres y mujeres producida por Institutos propios así como la relacionada con la defensa y protección del ciudadano en su condición de consumidor. Asume también las competencias en materia de inmigración y cooperación para el desarrollo.

- Departamento de Agricultura, Ganadería y Medio Ambiente: Series relacionadas con la agricultura y la alimentación, entre las que cabe citar, como más significativas: mejora y modernización de las estructuras agrarias, ganadería, industrias agroalimentarias, denominaciones de origen, canales y regadíos, ferias, mercados interiores y Cámaras Agrarias. Además de la documentación generada en materia de gestión de las políticas derivadas de Fondos Europeos como en control alimentario y la intervención de mercados. También la documentación derivada de la gestión en materia de medio ambiente y de conservación de la naturaleza y de la biodiversidad, así como la planificación y ejecución de las obras relacionadas con el ciclo integral del agua y las acciones tendentes a preservar y restaurar la calidad de las mismas.

- Departamento de Sanidad: Documentación relacionada con la función principal de gestión y provisión de la asistencia sanitaria en la Comunidad Autónoma.