Historia institucional
En 1212 el Rey Pedro II instaura en Jaca un concejo de cuatro hombres buenos, que sean jurados, y que serán elegidos uno por cada barrio de la ciudad. Ese mismo año, el rey establece que además de esos cuatro jurados, que luego se llamaran paceros, se elijan otros seis hombres buenos para jurados. Este concejo se renovaba cada año, en la fiesta de Navidad, mediante insaculación. Estaba obligado, por medio de juramento, a "dirigir, disponer y gobernar la ciudad de Jaca y a todos sus habitantes y todos los asuntos del bien común, estableciendo los reglamentos que a su criterio comprendan que han de ser buenos".
En 1238, con el fin de tratar sobre "riñas, enemistades, contiendas" que había entre ciertos hombres de Jaca, se establecieron cien hombres de Jaca, que se obligaban a aconsejar y favorecer a los Jurados. Se trata del Concejo de Ciento, que más tarde el rey Jaime I exportó a Barcelona.
Esta organización fue evolucionando hasta que en el siglo XVII el concejo jaqués estaba formado por el Justicia, el Prior de Jurados, Justicia hidalgo, Jurado tercero, Jurado cuarto y Prior de veinticuatro. A partir de los Decretos de Nueva Planta, con la creación de los ayuntamientos, la composición del Concejo de Jaca seguirá el modelo borbónico instaurado en el resto de España.
Historia archivística
La primera referencia al archivo la encontramos en un documento de 1557 en el que Martín de Ozta escribe, el 3 de junio, al Concejo de Jaca que “me dan aviso sobre la manifestación e inventariación que se hizo de las escrituras del archivo de la ciudad por parte de los de Ulle”.
En el siglo XVIII se llevó a cabo una reestructuración del archivo, redactándose un índice de sus fondos, que fue consultado por Ricardo del Arco en 1920, pero que actualmente está desaparecido.
En cumplimiento del Decreto de 12 de noviembre de 1931, se entregaron al Archivo Histórico Provincial de Huesca los protocolos notariales. Se trataba de un abundante conjunto de protocolos (3387), que abarcaban del siglo XV al XVIII. Esta riqueza se debe a que el rey Fernando el Católico concedió a la ciudad de Jaca que tuviesen doce notarios.
Tras varios cambios de ubicación, que hicieron que el fondo contemporáneo y el histórico se encontraran separados, en 2009 se traslada el fondo histórico al nuevo depósito, configurando así el espacio físico del archivo tal y como hoy se encuentra.