El conjunto consta de tres edificios separados entre sí por exigencias de sus respectivas funciones; los tres están rodeados de una verja de forja que delimita el solar de planta rectangular. El primer edificio, de planta rectangular perfectamente simétrica y regular, es el más grande en cuanto dimensiones, así como el más importante en cuanto funciones ya que en él se dispusieron las cátedras y dependencias anejas a las mismas; en el segundo edificio se situó el Hospital Clínico con las salas de operaciones y servicios administrativos; y en el tercero, el de menores dimensiones, se instaló el Instituto Anatómico Forense para el estudio de los cadáveres. Los tres edificios se construyeron según un concepto arquitectónico muy personal de Ricardo Magdalena, centrado en el estudio de la arquitectura civil aragonesa del siglo XVI más representativa lo que supone la recuperación de materiales tan autóctonos como el ladrillo, la cerámica y los aleros de madera y la dotación de una monumentalidad excepcional a sus obras, en clave neorrenacentista. El proyecto está caracterizado por la amplitud, el cuidado diseño de los espacios, así como el deseo de dejar la impronta de unas señas de identidad determinadas por las corrientes historicistas, con un acento regionalista, así como por el concepto integral de la arquitectura. El edificio principal, en el que se dispusieron las cátedras, tiene planta rectangular y alzado simétrico. Al exterior presenta cuatro fachadas levantadas en ladrillo con apliques de barro cocido o esmaltado sobre zócalo de piedra. La fachada delantera, dividida en cinco partes, presenta un cuerpo central desde el que se accede al interior del edificio. Los paramentos están articulados mediante la disposición en la planta baja de tres arcos de medio punto separados por pilastras con capiteles con decoración vegetal que sostienen un entablamento, en cuyo friso se dispuso una inscripción indicando el uso del edificio. Sobre el hueco central se remata la composición con un frontón triangular presidido por el busto de Minerva; en las enjutas de los arcos se disponen seis medallones en los que se representan alegorías de la Medicina, la Higiene y la Cirugía a la izquierda, y el Estudio perspicaz, el Calórico radiante y la Electricidad a la derecha, entre vástagos vegetales. Delante de las pilastras se construyeron grandes pedestales prismáticos que sostienen estatuas de tamaño natural y sedentes, en sillones fraileros, de destacados personajes de la Medicina y las Ciencias: Miguel Servet y Andrés Piquer por la Medicina, Ignacio Jordán de Asso y Fausto Elhuyar por las Ciencias. Las puertas de entrada tienen montantes de hierro cuya decoración alude al destino del edificio, representándose en ellas, flores y sus semillas, que lo mismo simbolizan el estudio de la Botánica que sus aplicaciones a la Medicina. En el piso principal tres huecos en arco de medio punto doblado separados por dobles pilastras de ladrillo decoradas con motivos de azulejería. En las enjutas hay medallones de piedra blanca con bustos y cifras de las Facultades. En el hueco central se situó el escudo nacional esculpido en piedra. En el piso alto se dispuso una galería corrida de arcos de medio punto doblados cuyo antepecho se decoró con filas de azulejos y vidrieras de colores. Remata la composición un alero de madera tallada sobre ménsulas de gran vuelo. El resto de la fachada, escalonada, se dispone de una manera regular a partir de la articulación de los paramentos mediante la apertura con grandes vanos de medio punto. Las fachadas laterales, distribuidas en dos pisos excepto en los pabellones de los ángulos en los que se dispuso un ático, presentan un esquema regular. Sobre un zócalo de piedra al que abren los sótanos, la planta baja se articula mediante la apertura con huecos en arcos de medio punto doblados cerrados con cristaleras en su parte superior y antepechos de ladrillo con decoración en resalte. Separada por una imposta de ladrillo, la planta principal se dispone de la misma manera que la inferior. Este edificio, caracterizado por una planta de completa simetría y regularidad, consta de una planta rectangular determinada por la disposición interior en torno a un patio central rodeado de una gran claustro con tres crujías por cada lado, constituidas por líneas de columnas de fundición marcadas por salientes en las fachadas, formando pabellones. En los centros de los lados y testero del rectángulo se disponen las cátedras de planta semicircular, a ambos lados de las cuales se disponen salas rectangulares que se utilizaban como laboratorios, gabinetes e incluso se dispuso el Museo de Historia Natural, donde actualmente se encuentra la biblioteca. El Paraninfo o Salón de Actos se organiza en dos plantas de acuerdo a dos órdenes de arcos, en el piso inferior se disponen arcos de medio punto de grandes dimensiones decorados con fajas de ornato vegetal; separado por una cornisa con motivos vegetales sobre ménsulas se dispone el piso alto en el que los arcos de medio punto, de menores dimensiones que los del piso bajo forman una galería de arquillos separados por columnillas abalaustradas. La sala está cubierta por una bóveda esquifada con lunetos decorados con ángeles y medallones en los cuales se rinde homenaje a médicos ilustres y científicos. La parte central de la bóveda está abierta por un lucernario plano sostenido por las nervaduras y delimitado por una faja artesonada con florones y dividido en tres compartimentos cerrados con vidrieras. Las ventanas del salón se cierran con este mismo tipo de vidrieras. La puerta está decorada con lacería de motivos geométricos, al gusto mudéjar, realzada por variadas tallas. La composición ornamental se remató con la disposición en la parte alta de leones sosteniendo escudos que alternan con los cuarteles de la Universidad. Se completa todo con lápidas inscritas rematadas por el escudo de Aragón y el de Zaragoza.