Monumental conjunto monástico levantado en el llamado Llano de San Indalecio a partir de 1675, fecha en que el monasterio antiguo de San Juan de la Peña sufrió un terrible incendio. Fue terminado en 1714 y desde entonces hasta 1835 la comunidad benedictina pinatense habitó aquí.

Está construido totalmente en ladrillo y se encuentra rodeado por una pequeña muralla con cubos semicirculares, que encierra la iglesia y las diferentes dependencias monásticas distribuidas en torno a una gran plaza.La distribución interior se dispuso en torno a una gran plaza, dotada de dos claustros, a ambos lados de la cual se distribuyen dos alas de edificaciones orientadas según el ideal de san Filiberto: la iglesia sigue el tradicional eje este-oeste; las dependencias privadas de los monjes se situaron al sur, éstas tenían acceso al claustro y a un espacio para jardín; al norte se situaron dependencias tales como la hospedería, la botica, el refectorio, la cocina, la despensa, un atrio, la biblioteca y un lugar común; finalmente en el ala oeste se ubicaría la sala capitular y el archivo.

En el centro se alza la iglesia dedicada a san Juan Bautista, formada por tres amplias naves cubiertas por bóveda de cañón con lunetos, seis capillas laterales y cabecera recta flanqueada por dos estancias. El falso crucero se cubre con una gran cúpula.Destaca su portada occidental en ladrillo con tres ingresos realizados en piedra. Los tres siguen el mismo esquema, consistente en arco de medio punto flanqueado por pilastras, entablamento rematado por pináculos, y hornacinas con las esculturas de san Indalecio, san Juan Bautista y san Benito. Todos estos elementos están enmarcados por una profusa decoración barroca. La fachada culmina con un frontón triangular y, a los lados, sendas torres.